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Enregistrement W3094435518 · doi:10.1038/s41467-020-19111-2

Cerebral small vessel disease genomics and its implications across the lifespan

2020· review· en· W3094435518 sur OpenAlexaff
Muralidharan Sargurupremraj, Hideaki Suzuki, Xueqiu Jian, Chloé Sarnowski, Tavia E. Evans, Joshua C. Bis, Gudny Eiriksdottir, Saori Sakaue, Natalie Terzikhan, Mohamad Habes, Wei Zhao, Nicola J. Armstrong, Edith Hofer, Lisa R. Yanek, Saskia P. Hagenaars, Erik B. van den Akker, Rebekah McWhirter, Stella Trompet, Aniket Mishra, Yasaman Saba, Claudia L. Satizábal, Grégory Beaudet, Laurent Petit, Ami Tsuchida, Laure Zago, Sabrina Schilling, Sigurður Sigurðsson, Rebecca F. Gottesman, Cora E. Lewis, Neelum T. Aggarwal, Oscar L. López, Jennifer A. Smith, Maria C. Valdés Hernández, Jeroen van der Grond, Margaret J. Wright, Maria J. Knol, Marcus Dörr, Russell Thomson, Constance Bordes, Quentin Le Grand, Marie‐Gabrielle Duperron, Albert V. Smith, David S. Knopman, Pamela J. Schreiner, Denis A. Evans, Jerome I. Rotter, Alexa Beiser, Susana Muñoz Maniega, Marian Beekman, Julian N. Trollor, David J. Stott, Meike W. Vernooij, Katharina Wittfeld, Wiro J. Niessen, Aïcha Soumaré, Eric Boerwinkle, Stephen Sidney, Stephen T. Turner, Gail Davies, Anbupalam Thalamuthu, Uwe Völker, Mark A. van Buchem, R. Nick Bryan, Josée Dupuis, Mark E. Bastin, David Ames, Alexander Teumer, Philippe Amouyel, John B. Kwok, Robin Bülow, Ian J. Deary, Peter R. Schofield, Henry Brodaty, Jiyang Jiang, Yasuharu Tabara, Kazuya Setoh, Susumu Miyamoto, Kazumichi Yoshida, Manabu Nagata, Yoichiro Kamatani, Fumihiko Matsuda, Bruce M. Psaty, David A. Bennett, Philip L. De Jager, Thomas H. Mosley, Perminder S. Sachdev, Reinhold Schmidt, Helen R. Warren, Εvangelos Εvangelou, David‐Alexandre Trégouët, Mariza de Andrade, Saonli Basu, Claudine Berr, Jennifer A. Brody, Daniel I. Chasman, Jean‐François Dartigues, Aaron R. Folsom, Marine Germain, Hugoline G. de Haan, John A. Heit, Jeanine Houwing-Duitermaat, Christopher Kabrhel, Peter Kraft, Grégoire Le Gal, Sara Lindström, Ramin Monajemi, Pierre‐Emmanuel Morange, P.H. Reitsma, Lynda Rose, Frits R. Rosendaal, Noémie Saut, P. Eline Slagboom, David M. Smadja, Nicholas L. Smith, Pierre Suchon, Weihong Tang, Kent D. Taylor, Christophe Tzourio, Marieke C. Visser, Astrid van Hylckama Vlieg, Lu-Chen Weng, Kerri L. Wiggins, Padhraig Gormley, Verneri Anttila, Bendik S. Winsvold, Priit Palta, Tonu Esko, Tune H. Pers, Kai-How Farh, Ester Cuenca-León, Mikko Muona, Nicholas A. Furlotte, Tobias Kurth, Andrés Ingason, George McMahon, Lannie Ligthart, Gisela M. Terwindt, Mikko Kallela, Tobias Freilinger, Caroline Ran, Anine H Stam, Stacy Steinberg, Guntram Borck, Markku Koiranen, Lydia Quaye, Hieab H.H. Adams, Terho Lehtimäki, Antti‐Pekka Sarin, Juho Wedenoja, David A. Hinds, Julie E. Buring, Markus Schürks, Maria Gudlaug Hrafnsdottir, Hreinn Stefánsson, Susan M. Ring, Jouke‐Jan Hottenga, Brenda W. J. H. Penninx, Ville Artto, Mari Kaunisto, Salli Vepsäläinen, Rainer Malik, Andrew C. Heath, Pamela A. F. Madden, Nicholas G. Martin, Grant W. Montgomery, Mitja Kurki, Mart Kals, Reedik Mägi, Kalle Pärn, Eija Hämäläinen, Hailiang Huang, Andrea Byrnes, Lude Franke, Jie Huang, Evie Stergiakouli, Cynthia Sandor, Caleb Webber, M. Zameel Cader, Bertram Müller‐Myhsok, Stefan Schreiber, Thomas Meitinger, Johan G. Eriksson, Veikko Salomaa, Kauko Heikkilä, Elizabeth Loehrer, Andre G. Uitterlinden, Albert Hofman, Cornelia M. van Duijn, Lynn Cherkas, Linda M. Pedersen, Audun Stubhaug, Christopher Sivert Nielsen, Minna Männikkö, Evelin Mihailov, Lili Milani, Hartmut Göbel, Ann-Louise Esserlind, Anne Francke Christensen, Thomas Folkmann Hansen, Thomas Werge, Jaakko Kaprio, Arpo Aromaa, Olli T. Raitakari, M. Arfan Ikram, Tim D. Spector, Marjo-Riitta Järvelin, Andres Metspalu, Christian Kubisch, David P. Strachan, Michel D. Ferrari, Andrea Carmine Belin, Martin Dichgans, Maija Wessman, Arn M. J. M. van den Maagdenberg, John‐Anker Zwart, George Davey Smith, Kari Stefansson, Nicholas Eriksson, Mark J. Daly, Benjamin M. Neale, Jes Olesen, Dale R. Nyholt, Aarno Palotie, Wei Wen, Charles DeCarli, Velandai Srikanth, J. Wouter Jukema, Sharon L. R. Kardia, Yukinori Okada, Bernard Mazoyer, Joanna M. Wardlaw, Paul Nyquist, Karen A. Mather, Hans J. Grabe, Helena Schmidt, Vilmundur Guðnason, W.T. Longstreth, Lenore J. Launer, Mark Lathrop, Sudha Seshadri, Paul M. Matthews, Myriam Fornage, Stéphanie Debette

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2020
Typereview
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueCerebrovascular and genetic disorders
Établissements canadiensOttawa HospitalMcGill Genome CentreUniversity of Ottawa
Organismes subventionnairesNational Human Genome Research InstituteNational Heart, Lung, and Blood InstituteNational Institute on AgingBiotechnology and Biological Sciences Research CouncilLundbeckfondenNational Institutes of HealthAgence Nationale de la RechercheNational Center for Research ResourcesNational Institute of Neurological Disorders and StrokeMedical Research CouncilNational Institute for Health and Care Research
Mots-clésMendelian randomizationGenome-wide association studyConfoundingDementiaLeukoaraiosisDiseaseMedicineStroke (engine)White matterCADASILHyperintensityGenetic associationBrain sizeBioinformaticsSingle-nucleotide polymorphismBiologyInternal medicineGeneticsMagnetic resonance imagingGeneGenetic variants

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

White matter hyperintensities (WMH) are the most common brain-imaging feature of cerebral small vessel disease (SVD), hypertension being the main known risk factor. Here, we identify 27 genome-wide loci for WMH-volume in a cohort of 50,970 older individuals, accounting for modification/confounding by hypertension. Aggregated WMH risk variants were associated with altered white matter integrity (p = 2.5×10-7) in brain images from 1,738 young healthy adults, providing insight into the lifetime impact of SVD genetic risk. Mendelian randomization suggested causal association of increasing WMH-volume with stroke, Alzheimer-type dementia, and of increasing blood pressure (BP) with larger WMH-volume, notably also in persons without clinical hypertension. Transcriptome-wide colocalization analyses showed association of WMH-volume with expression of 39 genes, of which four encode known drug targets. Finally, we provide insight into BP-independent biological pathways underlying SVD and suggest potential for genetic stratification of high-risk individuals and for genetically-informed prioritization of drug targets for prevention trials.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,011

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,001
Bibliométrie0,0020,002
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,055
Tête enseignante GPT0,369
Écart entre enseignants0,315 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations208
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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