<scp>6‐phenylpyrrolocytosine</scp> as a fluorescent probe to examine nucleotide flipping catalyzed by a <scp>DNA</scp> repair protein
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Cellular exposure to tobacco‐specific nitrosamines causes formation of promutagenic O6‐[4‐oxo‐4‐(3‐pyridyl)but‐1‐yl]guanine (O6‐POB‐G) and O6‐methylguanine (O6‐Me‐G) adducts in DNA. These adducts can be directly repaired by O6‐alkylguanine‐DNA alkyltransferase (AGT). Repair begins by flipping the damaged base out of the DNA helix. AGT binding and base‐flipping have been previously studied using pyrrolocytosine as a fluorescent probe paired to the O6‐alkylguanine lesion, but low fluorescence yield limited the resolution of steps in the repair process. Here, we utilize the highly fluorescent 6‐phenylpyrrolo‐2′‐deoxycytidine (6‐phenylpyrrolo‐C) to investigate AGT‐DNA interactions. Synthetic oligodeoxynucleotide duplexes containing O6‐POB‐G and O6‐Me‐G adducts were placed within the CpG sites of codons 158, 245, and 248 of the p53 tumor suppressor gene and base‐paired to 6‐phenylpyrrolo‐C in the opposite strand. Neighboring cytosine was either unmethylated or methylated. Stopped‐flow fluorescence measurements were performed by mixing the DNA duplexes with C145A or R128G AGT variants. We observe a rapid, two‐step, nearly irreversible binding of AGT to DNA followed by two slower steps, one of which is base‐flipping. Placing 5‐methylcytosine immediately 5′ to the alkylated guanosine causes a reduction in rate constant of nucleotide flipping. O6‐POB‐G at codon 158 decreased the base flipping rate constant by 3.5‐fold compared with O6‐Me‐G at the same position. A similar effect was not observed at other codons.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».