Prognostic and clinical significance of long non-coding RNA SNHG12 expression in various cancers
Notice bibliographique
Résumé
Recently, increasing studies suggested that lncRNA SNHG12 was aberrantly expressed in kinds of cancers. However, definite prognostic value of SNHG12 remains unclear. We conducted this meta-analysis to evaluate the association between SNHG12 expression level and cancer prognosis. A literature retrieval was conducted by searching kinds of databases. The meta-analysis was performed by using Revman 5.2 and Stata 12.0 software. Besides, The Cancer Genome Atlas dataset was analyzed to validate the results in our meta-analysis via using Gene Expression Profiling Interactive Analysis. The pooled results showed that high SNHG12 expression significantly indicated worse overall survival and recurrence-free survival. Tumor type, sample size, survival analysis method, and cutoff value did not alter SNHG12 prognosis value according to stratified analysis results. Additionally, higher expression of SNHG12 suggested unfavorable clinicopathological outcomes including larger tumor size, lymph node metastasis, distant metastasis, and advanced clinical stage. Online cross-validation in TCGA dataset further indicated that cancer patients with upregulated SNHG12 expression had worse overall survival and disease-free survival. Therefore, elevated SNHG12 expression was associated with poor survival and unfavorable clinical outcomes in various cancers, and therefore might be a potential prognostic biomarker in human cancers.Abbreviations Akt: protein kinase B; CESC: cervical squamous cell carcinoma and endocervical adenocarcinoma; ceRNA: competitive endogenous RNA; CNKI: China National Knowledge Infrastructure; CI: confidence interval; CCNE1: cyclin E1; COAD: colon adenocarcinoma; DM: distant metastasis; DFS: disease-free survival; EMT: epithelial–mesenchymal transition; FISH: fluorescence in situ hybridization; FIGO: the International Federation of Gynecology and Obstetrics; GEPIA: Gene Expression Profiling Interactive Analysis; HR: hazard ratio; HIFα: hypoxia-inducible factor 1 α; KIRC: kidney renal clear cell carcinoma; KIRP: kidney renal papillary cell carcinoma; LIHC: hepatocellular carcinoma; LNM: lymph node metastasis; mTOR: mechanistic target of rapamycin kinase; MMP-9: matrix metalloproteinase 9; MCL1: myeloid cell leukemia 1; MLK3: mixed-lineage protein kinase 3; N/A: not available; NOS: Newcastle-Ottawa Scale; OR: odd ratio; OS: overall survival; PSA: prostate-specific antigen; PI3K: phosphoinositide 3-kinase; qRT-PCR: quantitative real-time polymerase chain reaction; READ: rectum adenocarcinoma; RFS: recurrence-free survival; SARC: sarcoma; SNHG12: small nucleolar RNA host gene 12; STAT3: signal transducer and activator of transcription 3; SOX4: SRY-box transcription factor 4; SOX5: SRY-box transcription factor 5; STAD: stomach adenocarcinoma; TCGA: The Cancer Genome Atlas; TNM: tumor node metastasis; WWP1: WW domain-containing E3 ubiquitin protein ligase 1; WHO grade: World Health Organization grade; ZEB2: zinc finger E-box-binding homeobox 2
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,004 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».