Trends in Population Dynamics of<i>Escherichia coli</i>Sequence Type 131, Calgary, Alberta, Canada, 2006–20161
Notice bibliographique
Résumé
E scherichia coli sequence type (ST) 131 is the quint- essential example of a successful, global, antimicrobial-resistant, high-risk clone among human bacteria (1,2).Currently, ST131 is the most common global extraintestinal pathogenic E. coli (ExPEC) clone; up to 30% of all ExPEC, 60%-90% of fluoroquinolone-resistant ExPEC, and 40%-80% of ExPEC with extended-spectrum β-lactamases [ESBLs] belong to ST131 (3,4).Population genetics indicate that ST131 consists of different clades (5): clade A contains serotype O16:H5 and fimH41, clade B contains mostly serotype O25b:H4 and fimH22, and clade C contains serotype O25b:H4 and fimH30.Clade C is divided into 2 subclades: C1/H30R (associated with fluoroquinolone resistance) and C2/H30Rx (associated with fluoroquinolone resistance and bla CTX-M-15 ).A novel ST131 C1 subclade, known as C1-M27 with bla CTX-M-27 , was reported in Japan (6).ST131 is the most dominant and most antimicrobial-resistant among E. coli causing bloodstream infections in Calgary, Alberta, Canada, infecting mostly the elderly in long-term care centers (7).Previous molecular epidemiology studies from the same region showed that ST131 was relatively rare among ESBL-producing and fluoroquinoloneresistant E. coli during the early 2000s but showed a major increase toward the end of the 2000s (8,9).However, limited information is available regarding the changes in population dynamics of ST131 clades over extended periods, especially among nonbiased E. coli isolates in large, well-defined, geographic regions.To address this issue, we conducted a retrospective cohort study that characterized ST131 clades responsible for bloodstream infections in Calgary over an 11-year period (2006-2016).Investigating trends of ST131 clades over long periods by using a populationbased surveillance approach will aid in clarifying the evolution of this clone and help with designing superior prevention strategies (3,10).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».