Trends in Population Dynamics of<i>Escherichia coli</i>Sequence Type 131, Calgary, Alberta, Canada, 2006–20161
Notice bibliographique
Résumé
E scherichia coli sequence type (ST) 131 is the quint- essential example of a successful, global, antimicrobial-resistant, high-risk clone among human bacteria (1,2). Currently, ST131 is the most common global extraintestinal pathogenic E. coli (ExPEC) clone; up to 30% of all ExPEC, 60%-90% of fluoroquinolone-resistant ExPEC, and 40%-80% of ExPEC with extended-spectrum -lactamases [ESBLs] belong to ST131 (3,4). Population genetics indicate that ST131 consists of different clades (5): clade A contains serotype O16:H5 and fimH41, clade B contains mostly serotype O25b:H4 and fimH22, and clade C contains serotype O25b:H4 and fimH30. Clade C is divided into 2 subclades: C1/H30R (associated with fluoroquinolone resistance) and C2/H30Rx (associated with fluoroquinolone resistance and bla CTX-M-15 ). A novel ST131 C1 subclade, known as C1-M27 with bla CTX-M-27 , was reported in Japan (6).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».