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Enregistrement W3101637373 · doi:10.1038/s41467-020-19473-7

Concordant peripheral lipidome signatures in two large clinical studies of Alzheimer’s disease

2020· article· en· W3101637373 sur OpenAlexfundno aff
Kevin Huynh, Wei Ling Florence Lim, Corey Giles, Kaushala S. Jayawardana, Agus Salim, Natalie A. Mellett, Alexander Smith, Gavriel Olshansky, Brian G. Drew, Pratishtha Chatterjee, Ian Martins, Simon M. Laws, Ashley I. Bush, Christopher C. Rowe, Victor L. Villemagne, David Ames, Colin L. Masters, Matthias Arnold, Kwangsik Nho, Andrew J. Saykin, Rebecca Baillie, Xianlin Han, Rima Kaddurah‐Daouk, Ralph N. Martins, Peter J. Meikle

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMetabolomics and Mass Spectrometry Studies
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Health and Medical Research CouncilNational Institute of Biomedical Imaging and BioengineeringCanadian Institutes of Health ResearchQatar National Research FundGenentechNational Institutes of HealthU.S. National Library of MedicineIXICOH. Lundbeck A/SNational Cancer InstituteServierDementia AustraliaEisaiAustralian GovernmentF. Hoffmann-La RocheUniversity of Southern CaliforniaPfizerBioClinicaBiogenDementia Collaborative Research Centres, AustraliaEdith Cowan UniversityEli Lilly and CompanyBristol-Myers SquibbFoundation for the National Institutes of HealthFonds National de la Recherche LuxembourgMedical Research CouncilMeso Scale DiagnosticsAlzheimer's Disease Neuroimaging InitiativeState Government of VictoriaNovartis Pharmaceuticals CorporationScience and Industry Endowment FundAlzheimer's AssociationNational Institute on AgingCommonwealth Scientific and Industrial Research Organisation
Mots-clésLipidomeLipidomicsSphingolipidLipid metabolismDiseaseComputational biologyMonoacylglycerol lipaseMetabolomicsBiologyBioinformaticsMedicineBiochemistryInternal medicineEndocannabinoid system

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Changes to lipid metabolism are tightly associated with the onset and pathology of Alzheimer’s disease (AD). Lipids are complex molecules comprising many isomeric and isobaric species, necessitating detailed analysis to enable interpretation of biological significance. Our expanded targeted lipidomics platform (569 species across 32 classes) allows for detailed lipid separation and characterisation. In this study we examined peripheral samples of two cohorts (AIBL, n = 1112 and ADNI, n = 800). We are able to identify concordant peripheral signatures associated with prevalent AD arising from lipid pathways including; ether lipids, sphingolipids (notably GM 3 gangliosides) and lipid classes previously associated with cardiometabolic disease (phosphatidylethanolamine and triglycerides). We subsequently identified similar lipid signatures in both cohorts with future disease. Lastly, we developed multivariate lipid models that improved classification and prediction. Our results provide a holistic view between the lipidome and AD using a comprehensive approach, providing targets for further mechanistic investigation.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,671
Score d'incertitude au seuil0,502

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,069
Tête enseignante GPT0,418
Écart entre enseignants0,350 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations167
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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