29 Conditional GWAS using sequence-based genotypes for susceptibility to Mycobacterium avium subsp paratuberculosis infection in Canadian Holstein
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Paratuberculosis is an incurable disease caused by Mycobacterium avium spp. paratuberculosis (MAP). Variability in the definition of a true infection could explain the lack of consensus in published results on host genetic susceptibility to MAP. The objective of this study was to identify quantitative trait loci (QTL) for susceptibility to paratuberculosis in Canadian Holstein with an accurately defined status. Cows with known parentage were recruited from 23 Canadian dairy herds and enrolled in a longitudinal study. Blood and feces were collected semi-annually over a 3-5-yr period. Serum samples were analyzed by ELISA (IDEXX) and feces by qPCR. Cows were labelled based on positive ELISA (> 45%) and on at least two consecutive fecal excretion of MAP (n = 382). Control cows (n = 669) did not excrete MAP nor have MAP antibodies (< 10%) over the 3–5 year period. Their genotypes (GGP Bovine 50K chip) were imputed to HD-SNP (within-breed), then to WGS using FImpute software and Run6 of 1,000 Bulls’ genome project as a multi-breed reference. Using GCTA software, heritability (h2) was estimated and conditional GWAS was performed to define multiple true causal mutations in QTL regions from those caused by linkage disequilibrium. The h2(se) was 0.52 (0.01) and after FDR correction, 1,357 variants presented significant effects (-log10 P > 6), grouped within 7 QTL located on chromosome BTA7, BTA16, BTA20, and BTA23. The most significant variant was on BTA20 (-log10 P =12.39). Functional annotation showed that 76% of all the variants of the QTL were intergenic, with the rest being mostly intronic. Of interest was variant located on BTA7 with effect size (se) of -0.77 (0.02). In conclusion, using accurate phenotypes, chromosomal regions and candidate genes that could be functionally related to MAP infection were uncovered. The significant variants found in this study could contribute to the enhancement of genomic evaluation for MAP resistance.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».