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Enregistrement W3107904358 · doi:10.1101/2020.11.25.398149

Silencing <i>SmD1</i> in Solanaceae alters susceptibility to root-knot nematodes

2020· preprint· en· W3107904358 sur OpenAlexfundno aff
Joffrey Mejias, Yongpan Chen, Truong Nhat My, Karine Mulet, Stéphanie Jaubert‐Possamai, Pierre Abad, Bruno Favery, Michaël Quentin

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2020
Typepreprint
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueNematode management and characterization studies
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesUniversity of California, DavisHeilongjiang University of Science and TechnologyInstitut National de la Recherche AgronomiqueChina Scholarship CouncilQueen's UniversityBộ Giáo dục và Ðào tạoInstitut National de Recherche pour l'Agriculture, l'Alimentation et l'EnvironnementAgence Nationale de la RechercheQueen's University Belfast
Mots-clésBiologyEffectorSolanumTerra incognitaMeloidogyne incognitaSolanaceaeNematodeRoot-knot nematodeArabidopsisGene silencingNicotiana benthamianaCell biologyGeneBotanyGeneticsEcology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Summary Root-knot nematodes (RKNs) are among the most damaging pests of agricultural crops. Indeed, Meloidogyne is an extremely polyphagous genus of nematodes that can infect thousands of plant species. A few genes for resistance (R-genes) to RKNs suitable for use in crop breeding have been identified, and new virulent strains and species of nematode emerge rendering these R-genes ineffective. Effective parasitism is dependent on the secretion, by the RKN, of effectors targeting plant functions, which mediate the reprogramming of root cells into specialised feeding cells. These cells, the giant cells, are essential for RKN development and reproduction. The EFFECTOR 18 protein (EFF18) from M. incognita interacts with the spliceosomal protein SmD1 in Arabidopsis, disrupting its function in alternative splicing regulation and modulating the giant cell transcriptome. We show here that EFF18 is a conserved RKN-specific effector. We also show here that EFF18 effectors also target SmD1 in Nicotiana benthamiana and Solanum lycopersicum . The alteration of SmD1 expression by virus-induced gene silencing (VIGS) in Solanaceae affects giant cell formation and nematode development. Thus, SmD1 is a susceptibility gene and a promising target for the development of broad resistance, especially in Solanaceae, for the control of Meloidogyne spp.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,023
Tête enseignante GPT0,218
Écart entre enseignants0,195 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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