Genome‐wide association study and pathway analysis for fat deposition traits in nellore cattle raised in pasture–based systems
Notice bibliographique
Résumé
Genome-wide association study (GWAS) is a powerful tool to identify candidate genes and genomic regions underlying key biological mechanisms associated with economically important traits. In this context, the aim of this study was to identify genomic regions and metabolic pathways associated with backfat thickness (BFT) and rump fat thickness (RFT) in Nellore cattle, raised in pasture-based systems. Ultrasound-based measurements of BFT and RFT (adjusted to 18 months of age) were collected in 11,750 animals, with 39,903 animals in the pedigree file. Additionally, 1,440 animals were genotyped using the GGP-indicus 35K SNP chip, containing 33,623 SNPs after the quality control. The single-step GWAS analyses were performed using the BLUPF90 family programs. Candidate genes were identified through the Ensembl database incorporated in the BioMart tool, while PANTHER and REVIGO were used to identify the key metabolic pathways and gene networks. A total of 18 genomic regions located on 10 different chromosomes and harbouring 23 candidate genes were identified for BFT. For RFT, 22 genomic regions were found on 14 chromosomes, with a total of 29 candidate genes identified. The results of the pathway analyses showed important genes for BFT, including TBL1XR1, AHCYL2, SLC4A7, AADAT, VPS53, IDH2 and ETS1, which are involved in lipid metabolism, synthesis of cellular amino acids, transport of solutes, transport between Golgi Complex membranes, cell differentiation and cellular development. The main genes identified for RFT were GSK3β, LRP1B, EXT1, GRB2, SORCS1 and SLMAP, which are involved in metabolic pathways such as glycogen synthesis, lipid transport and homeostasis, polysaccharide and carbohydrate metabolism. Polymorphisms located in these candidate genes can be incorporated in commercial genotyping platforms to improve the accuracy of imputation and genomic evaluations for carcass fatness. In addition to uncovering biological mechanisms associated with carcass quality, the key gene pathways identified can also be incorporated in biology-driven genomic prediction methods.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».