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Enregistrement W3109183357 · doi:10.1038/s41588-020-00713-x

Discovery of rare variants associated with blood pressure regulation through meta-analysis of 1.3 million individuals

2020· review· en· W3109183357 sur OpenAlexafffund
Praveen Surendran, Elena V. Feofanova, Najim Lahrouchi, Ioanna Ntalla, Savita Karthikeyan, James P. Cook, Lingyan Chen, Borbála Mifsud, Chen Yao, Aldi T. Kraja, James Cartwright, Jacklyn N. Hellwege, Ayush Giri, Vinicius Tragante, Guðmar Þorleifsson, Dajiang J. Liu, Bram P. Prins, Isobel D. Stewart, Claudia P. Cabrera, James Eales, Artur Akbarov, Paul L. Auer, Lawrence F. Bielak, Joshua C. Bis, Vickie Braithwaite, Jennifer A. Brody, E. Warwick Daw, Helen R. Warren, Fotios Drenos, Jessica D. Faul, Eric B. Fauman, Cristiano Fava, Teresa Ferreira, Christopher N. Foley, Nora Franceschini, He Gao, Olga Giannakopoulou, Franco Giulianini, Daníel F. Guðbjartsson, Xiuqing Guo, Sarah E. Harris, Aki S. Havulinna, Anna Helgadóttir, Jennifer E. Huffman, Shih‐Jen Hwang, Stavroula Kanoni, Jukka Kontto, Martin G. Larson, Ruifang Li‐Gao, Jaana Lindström, Luca A. Lotta, Yingchang Lu, Jian’an Luan, Anubha Mahajan, Giovanni Malerba, Nicholas G. D. Masca, Hao Mei, Cristina Menni, Dennis O. Mook‐Kanamori, David Mosén-Ansorena, Martina Müller‐Nurasyid, Guillaume Paré, Dirk S. Paul, Markus Perola, Alaitz Poveda, Rainer Rauramaa, Melissa A. Richard, Tom G. Richardson, Nuno Sepúlveda, Xueling Sim, Albert V. Smith, Jennifer A. Smith, James R Staley, Alena Stanáková, Patrick Sulem, Sébastien Thériault, Unnur Þorsteinsdóttir, Stella Trompet, Tibor V. Varga, Digna R. Velez Edwards, Giovanni Veronesi, Stefan Weiß, Sara M. Willems, Jie Yao, Robin Young, Bing Yu, Weihua Zhang, Jinghua Zhao, Εvangelos Εvangelou, Stefanie Aeschbacher, Eralda Asllanaj, Stefan Blankenberg, Lori L. Bonnycastle, Jette Bork‐Jensen, Ivan Brandslund, Peter S. Braund, Stephen Burgess, Kelly Cho, Cramer Christensen, John Connell, Renée de Mutsert, Anna F. Dominiczak, Marcus Dörr, Guðný Eiríksdóttir, Aliki‐Eleni Farmaki, J. Michael Gaziano, Niels Grarup, Megan L. Grove, Göran Hallmans, Torben Hansen, Gerardo Heiss, Marit E. Jørgensen, Eero Kajantie, Mihir Kamat, Annemari Käräjämäki, Fredrik Karpe, Heikki A. Koistinen, Csaba P. Kövesdy, Kari Kuulasmaa, Tiina Laatikainen, Lars Lannfelt, I‐Te Lee, Wen‐Jane Lee, Rudolf A. de Boer, Peter van der Meer, Niek Verweij, Allan Linneberg, Lisa W. Martin, Marie Moitry, Girish N. Nadkarni, Matt J. Neville, George Papanicolaou, Oluf Pedersen, James E. Peters, Neil R Poulter, Asif Rasheed, Katrine Laura Rasmussen, Nigel W. Rayner, Reedik Mägi, Frida Renström, Rainer Rettig, Jacques E. Rossouw, Pamela J. Schreiner, Peter Sever, Tea Skaaby, Yan V. Sun, Johan Sundström, Guðmundur Þorgeirsson, Tõnu Esko, Elisabetta Trabetti, Philip S. Tsao, Stephen T. Turner, Ioanna Tzoulaki, Ilonca Vaartjes, Anne‐Claire Vergnaud, Cristen J. Willer, Peter W.F. Wilson, Daniel R. Witte, Ekaterina Yonova‐Doing, He Zhang, Naheed Aliya, Peter Almgren, Philippe Amouyel, Folkert W. Asselbergs, Michael R. Barnes, Alexandra I. F. Blakemore, Michael Boehnke, Michiel L. Bots, Erwin P. Böttinger, Julie E. Buring, John C. Chambers, Yii‐Der Ida Chen, Rajiv Chowdhury, David Conen, Adolfo Correa, George Davey Smith, Ian J. Deary, George Dedoussis, Panos Deloukas, Emanuele Di Angelantonio, Paul Elliott, Adam S. Butterworth, John Danesh, Mark I. McCarthy, Paul W. Franks, Olov Rolandsson, Nicholas J. Wareham, Stephan B. Felix, Jean Ferrières, Ian Ford, Myriam Fornage, Philippe Frossard, Giovanni Gambaro, Tom R. Gaunt, Leif Groop, Vilmundur Guðnason, Tamara B. Harris, Caroline Hayward, Branwen J. Hennig, Karl‐Heinz Herzig, Erik Ingelsson, Jaakko Tuomilehto, Marjo‐Riitta Järvelin, J. Wouter Jukema, Sharon L. R. Kardia, Frank Kee, Jaspal S. Kooner, Charles Kooperberg, Lenore J. Launer, Lars Lind, Ruth J. F. Loos, Abdulla al Shafi Majumder, Markku Laakso, Olle Melander, Karen L. Mohlke, Alison D. Murray, Børge G. Nordestgaard, Marju Orho‐Melander, Chris J. Packard, Sandosh Padmanabhan, Walter Palmas, Ozren Polašek, David J. Porteous, Andrew M. Prentice, Michael A. Province, Caroline L. Relton, Kenneth Rice, Paul M. Ridker, Frits R. Rosendaal, Jerome I. Rotter, Igor Rudan, Veikko Salomaa, Nilesh J. Samani, Naveed Sattar, Wayne H.-H. Sheu, Blair H. Smith, Nicole Soranzo, Timothy D. Spector, John M. Starr, Sylvain Sebért, Kent D. Taylor, Timo A. Lakka, Nicholas J. Timpson, Martin D. Tobin, Eleftheria Zeggini, Ramachandran S. Vasan, Jarmo Virtamo, Uwe Völker, David R. Weir, Fadi J. Charchar, Todd L. Edwards, Adriana M. Hung, Christopher J. O’Donnell, Maciej Tomaszewski, Mark J. Caulfield, Hilma Hólm, Cecilia M. Lindgren, Chunyu Liu, Alisa K. Manning, Andrew P. Morris, Alanna C. Morrison, Bruce M. Psaty, Danish Saleheen, Kāri Stefánsson, Eric Boerwinkle, Daniel I. Chasman, Daniel Levy, Christopher Newton‐Cheh, Patricia B. Munroe, Joanna M. M. Howson

Notice bibliographique

RevueNature Genetics · 2020
Typereview
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic Associations and Epidemiology
Établissements canadiensUniversité LavalPopulation Health Research InstituteMcMaster University
Organismes subventionnairesNHLBI Division of Intramural ResearchNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesNational Heart, Lung, and Blood InstituteNIHR Cambridge Biomedical Research CentreNIHR Oxford Biomedical Research CentreNIHR Imperial Biomedical Research CentreFonds de Recherche du Québec - SantéPenn State College of MedicineSteno Diabetes Center AarhusNational Institutes of HealthMRC-PHE Centre for Environment and HealthEvans Medical FoundationNovo Nordisk FondenUniversità degli Studi di VeronaKhalifa University of Science, Technology and ResearchPennsylvania State UniversityLunds UniversitetHorizon 2020 Framework ProgrammeUniversiteit UtrechtMedical Research CouncilServierUniversity of BristolImperial College LondonNational Human Genome Research InstituteKidney Research UKDepartment of Health and Social CareUniversity of CambridgeBritish Heart FoundationStichting de Drie LichtenIsaac Newton TrustEunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human DevelopmentBarts CharityU.S. Department of Health and Human ServicesGenomic HealthVanderbilt University Medical CenterNational Cancer InstituteUniversity College LondonCancer Research UKWellcome TrustGentofte HospitalNational Institute for Health and Care ResearchUniversity of North Carolina at Chapel HillQueen Mary University of LondonPfizerUniversity of WashingtonNational Institute on Minority Health and Health DisparitiesAstraZenecaGenentechSchool of Public Health, Imperial College LondonUniversity of OxfordAmgenNovo NordiskLi Ka Shing FoundationSchool of Medicine, Boston UniversityCambridge University HospitalsUniversity of PennsylvaniaVanderbilt UniversityInternational Seafood Sustainability FoundationBiogenGovernment of the United KingdomUniversity of MichiganUK Research and InnovationEli Lilly and Company
Mots-clésBiologyMeta-analysisComputational biologyGeneticsBlood pressureEvolutionary biologyBioinformaticsInternal medicineEndocrinologyMedicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ncreased blood pressure (BP) is a major risk factor for cardiovascular disease (CVD) and related disability worldwide 1 . Its complications are estimated to account for ~10.7 million premature deaths annually 1 . Genome-wide association studies (GWAS) and exome array-wide association studies (EAWAS) have identified over 1,000 BP-associated single-nucleotide variants (SNVs) 2-19 for this complex, heritable, polygenic trait. The majority of these are common SNVs (minor allele frequency (MAF) > 0.05) with small effects on BP. Most reported associations involve noncoding SNVs, and due to linkage disequilibrium (LD) between common variants, these studies provide limited insights into the specific causal genes through which their effects are mediated. The exome array was designed to facilitate analyses of rare coding variants (MAF 0.01) with potential functional consequences. Over 80% of SNVs on the array are rare, ~6% are low frequency (0.01 < MAF 0.05), and ~80% are missense, that is, the variants implicate a candidate causal gene through changes to the amino acid sequence. Previously, using the exome array, we identified four BP loci with rare-variant associations (RBM47, COL21A1, RRAS and DBH) These findings confirmed the utility of rare-variant studies for identifying potential causal genes. These rare-variant associations had larger effects on BP (typically ~1.5 mm Hg per minor allele) than common variants identified by previous studies (typically ~0.5 mm Hg per minor allele), many of which had power to detect common variants with large effects. Here, we combine the studies from our previous two exome array reports with additional studies, including the UK Biobank (UKBB) study, to analyze up to ~1.32 million participants and investigate the role of rare SNVs in BP regulation.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict), Intégrité de la recherche
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Méta-analyse · Signal consensuel: Méta-analyse
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,218
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0040,002
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0020,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,042
Tête enseignante GPT0,320
Écart entre enseignants0,279 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeMéta-analyse
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations239
Publié2020
Routes d'admission2
Résumé présentnon

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