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Enregistrement W3109183357 · doi:10.1038/s41588-020-00713-x

Discovery of rare variants associated with blood pressure regulation through meta-analysis of 1.3 million individuals

2020· review· en· W3109183357 sur OpenAlexafffund
Praveen Surendran, Elena V. Feofanova, Najim Lahrouchi, Ioanna Ntalla, Savita Karthikeyan, James P. Cook, Lingyan Chen, Borbála Mifsud, Chen Yao, Aldi T. Kraja, James Cartwright, Jacklyn N. Hellwege, Ayush Giri, Vinicius Tragante, Guðmar Þorleifsson, Dajiang J. Liu, Bram P. Prins, Isobel D. Stewart, Claudia P. Cabrera, James Eales, Artur Akbarov, Paul L. Auer, Lawrence F. Bielak, Joshua C. Bis, Vickie Braithwaite, Jennifer A. Brody, E. Warwick Daw, Helen R. Warren, Fotios Drenos, Jessica D. Faul, Eric B. Fauman, Cristiano Fava, Teresa Ferreira, Christopher N. Foley, Nora Franceschini, He Gao, Olga Giannakopoulou, Franco Giulianini, Daníel F. Guðbjartsson, Xiuqing Guo, Sarah E. Harris, Aki S. Havulinna, Anna Helgadóttir, Jennifer E. Huffman, Shih‐Jen Hwang, Stavroula Kanoni, Jukka Kontto, Martin G. Larson, Ruifang Li‐Gao, Jaana Lindström, Luca A. Lotta, Yingchang Lu, Jian’an Luan, Anubha Mahajan, Giovanni Malerba, Nicholas G. D. Masca, Hao Mei, Cristina Menni, Dennis O. Mook‐Kanamori, David Mosén-Ansorena, Martina Müller‐Nurasyid, Guillaume Paré, Dirk S. Paul, Markus Perola, Alaitz Poveda, Rainer Rauramaa, Melissa A. Richard, Tom G. Richardson, Nuno Sepúlveda, Xueling Sim, Albert V. Smith, Jennifer A. Smith, James R Staley, Alena Stanáková, Patrick Sulem, Sébastien Thériault, Unnur Þorsteinsdóttir, Stella Trompet, Tibor V. Varga, Digna R. Velez Edwards, Giovanni Veronesi, Stefan Weiß, Sara M. Willems, Jie Yao, Robin Young, Bing Yu, Weihua Zhang, Jinghua Zhao, Εvangelos Εvangelou, Stefanie Aeschbacher, Eralda Asllanaj, Stefan Blankenberg, Lori L. Bonnycastle, Jette Bork‐Jensen, Ivan Brandslund, Peter S. Braund, Stephen Burgess, Kelly Cho, Cramer Christensen, John Connell, Renée de Mutsert, Anna F. Dominiczak, Marcus Dörr, Guðný Eiríksdóttir, Aliki‐Eleni Farmaki, J. Michael Gaziano, Niels Grarup, Megan L. Grove, Göran Hallmans, Torben Hansen, Gerardo Heiss, Marit E. Jørgensen, Eero Kajantie, Mihir Kamat, Annemari Käräjämäki, Fredrik Karpe, Heikki A. Koistinen, Csaba P. Kövesdy, Kari Kuulasmaa, Tiina Laatikainen, Lars Lannfelt, I‐Te Lee, Wen‐Jane Lee, Rudolf A. de Boer, Peter van der Meer, Niek Verweij, Allan Linneberg, Lisa W. Martin, Marie Moitry, Girish N. Nadkarni, Matt J. Neville, George Papanicolaou, Oluf Pedersen, James E. Peters, Neil R Poulter, Asif Rasheed, Katrine Laura Rasmussen, Nigel W. Rayner, Reedik Mägi, Frida Renström, Rainer Rettig, Jacques E. Rossouw, Pamela J. Schreiner, Peter Sever, Tea Skaaby, Yan V. Sun, Johan Sundström, Guðmundur Þorgeirsson, Tõnu Esko, Elisabetta Trabetti, Philip S. Tsao, Stephen T. Turner, Ioanna Tzoulaki, Ilonca Vaartjes, Anne‐Claire Vergnaud, Cristen J. Willer, Peter W.F. Wilson, Daniel R. Witte, Ekaterina Yonova‐Doing, He Zhang, Naheed Aliya, Peter Almgren, Philippe Amouyel, Folkert W. Asselbergs, Michael R. Barnes, Alexandra I. F. Blakemore, Michael Boehnke, Michiel L. Bots, Erwin P. Böttinger, Julie E. Buring, John C. Chambers, Yii‐Der Ida Chen, Rajiv Chowdhury, David Conen, Adolfo Correa, George Davey Smith, Ian J. Deary, George Dedoussis, Panos Deloukas, Emanuele Di Angelantonio, Paul Elliott, Adam S. Butterworth, John Danesh, Mark I. McCarthy, Paul W. Franks, Olov Rolandsson, Nicholas J. Wareham, Stephan B. Felix, Jean Ferrières, Ian Ford, Myriam Fornage, Philippe Frossard, Giovanni Gambaro, Tom R. Gaunt, Leif Groop, Vilmundur Guðnason, Tamara B. Harris, Caroline Hayward, Branwen J. Hennig, Karl‐Heinz Herzig, Erik Ingelsson, Jaakko Tuomilehto, Marjo‐Riitta Järvelin, J. Wouter Jukema, Sharon L. R. Kardia, Frank Kee, Jaspal S. Kooner, Charles Kooperberg, Lenore J. Launer, Lars Lind, Ruth J. F. Loos, Abdulla al Shafi Majumder, Markku Laakso, Olle Melander, Karen L. Mohlke, Alison D. Murray, Børge G. Nordestgaard, Marju Orho‐Melander, Chris J. Packard, Sandosh Padmanabhan, Walter Palmas, Ozren Polašek, David J. Porteous, Andrew M. Prentice, Michael A. Province, Caroline L. Relton, Kenneth Rice, Paul M. Ridker, Frits R. Rosendaal, Jerome I. Rotter, Igor Rudan, Veikko Salomaa, Nilesh J. Samani, Naveed Sattar, Wayne H.-H. Sheu, Blair H. Smith, Nicole Soranzo, Timothy D. Spector, John M. Starr, Sylvain Sebért, Kent D. Taylor, Timo A. Lakka, Nicholas J. Timpson, Martin D. Tobin, Eleftheria Zeggini, Ramachandran S. Vasan, Jarmo Virtamo, Uwe Völker, David R. Weir, Fadi J. Charchar, Todd L. Edwards, Adriana M. Hung, Christopher J. O’Donnell, Maciej Tomaszewski, Mark J. Caulfield, Hilma Hólm, Cecilia M. Lindgren, Chunyu Liu, Alisa K. Manning, Andrew P. Morris, Alanna C. Morrison, Bruce M. Psaty, Danish Saleheen, Kāri Stefánsson, Eric Boerwinkle, Daniel I. Chasman, Daniel Levy, Christopher Newton‐Cheh, Patricia B. Munroe, Joanna M. M. Howson

Notice bibliographique

RevueNature Genetics · 2020
Typereview
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic Associations and Epidemiology
Établissements canadiensUniversité LavalPopulation Health Research InstituteMcMaster University
Organismes subventionnairesNHLBI Division of Intramural ResearchNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesNational Heart, Lung, and Blood InstituteNIHR Cambridge Biomedical Research CentreNIHR Oxford Biomedical Research CentreNIHR Imperial Biomedical Research CentreFonds de Recherche du Québec - SantéPenn State College of MedicineSteno Diabetes Center AarhusNational Institutes of HealthMRC-PHE Centre for Environment and HealthEvans Medical FoundationNovo Nordisk FondenUniversità degli Studi di VeronaKhalifa University of Science, Technology and ResearchPennsylvania State UniversityLunds UniversitetHorizon 2020 Framework ProgrammeUniversiteit UtrechtMedical Research CouncilServierUniversity of BristolImperial College LondonNational Human Genome Research InstituteKidney Research UKDepartment of Health and Social CareUniversity of CambridgeBritish Heart FoundationStichting de Drie LichtenIsaac Newton TrustEunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human DevelopmentBarts CharityU.S. Department of Health and Human ServicesGenomic HealthVanderbilt University Medical CenterNational Cancer InstituteUniversity College LondonCancer Research UKWellcome TrustGentofte HospitalNational Institute for Health and Care ResearchUniversity of North Carolina at Chapel HillQueen Mary University of LondonPfizerUniversity of WashingtonNational Institute on Minority Health and Health DisparitiesAstraZenecaGenentechSchool of Public Health, Imperial College LondonUniversity of OxfordAmgenNovo NordiskLi Ka Shing FoundationSchool of Medicine, Boston UniversityCambridge University HospitalsUniversity of PennsylvaniaVanderbilt UniversityInternational Seafood Sustainability FoundationBiogenGovernment of the United KingdomUniversity of MichiganUK Research and InnovationEli Lilly and Company
Mots-clésBiologyMeta-analysisComputational biologyGeneticsBlood pressureEvolutionary biologyBioinformaticsInternal medicineEndocrinologyMedicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Genetic studies of blood pressure (BP) to date have mainly analyzed common variants (minor allele frequency > 0.05). In a meta-analysis of up to ~1.3 million participants, we discovered 106 new BP-associated genomic regions and 87 rare (minor allele frequency ≤ 0.01) variant BP associations (P < 5 × 10−8), of which 32 were in new BP-associated loci and 55 were independent BP-associated single-nucleotide variants within known BP-associated regions. Average effects of rare variants (44% coding) were ~8 times larger than common variant effects and indicate potential candidate causal genes at new and known loci (for example, GATA5 and PLCB3). BP-associated variants (including rare and common) were enriched in regions of active chromatin in fetal tissues, potentially linking fetal development with BP regulation in later life. Multivariable Mendelian randomization suggested possible inverse effects of elevated systolic and diastolic BP on large artery stroke. Our study demonstrates the utility of rare-variant analyses for identifying candidate genes and the results highlight potential therapeutic targets. Meta-analyses in up to 1.3 million individuals identify 87 rare-variant associations with blood pressure traits. On average, rare variants exhibit effects ~8 times larger than the mean effects of common variants and implicate candidate causal genes at associated regions.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,004
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Méta-analyse · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,012

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,004
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,002
Bibliométrie0,0010,002
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,042
Tête enseignante GPT0,320
Écart entre enseignants0,279 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeMéta-analyse
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations239
Publié2020
Routes d'admission2
Résumé présentnon

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