ETMR-19. SINGLE CELL ANALYSES OF ETMRs REVEAL THAT C19MC+ POPULATION DRIVES CELL CYCLE PROGRESSION AND STEM CELL MAINTENANCE
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Embryonal tumors with multilayered rosettes (ETMRs) are highly fatal diseases characterized by recurrent amplification of C19MC, an oncogenic miRNA cluster. While C19MC was discovered as a major driver of ETMRs, its direct role in ETMRs remains unknown. As ETMRs exhibit significant heterogeneity in C19MC expression, we employed single cell transcriptomics to investigate features of C19MC+ population. We conducted single-nuclei RNAseq of 23,269 cells from 6 primary and 2 matched recurrent ETMRs. We also conducted single-cell RNAseq of human neural stem cells (hNSC-5miR) and ETMR cell line (A664-5miR) with stable expression of 5 C19MC miRNAs. Bulk RNAseq (n=27), H3K27Ac ChiP-seq (n=5) and ATAC-seq (n=5) corroborated scRNAseq data and identified core transcription factors (TFs) of C19MC+ population. C19MC+ population (24%) mapped to neuro-epithelial cells and exhibited signatures of cell cycle and stem cell maintenance, consistent with bulk-RNAseq data. The C19MC+ population overlaps with MKI67+ cycling (57%) and PROM1+ stem cell population (56%). Interestingly, interrogation of hNSC-5mir and A664-5miR showed a larger MKI67+/PROM1+ population compared to controls. Likewise, hNSC-5miR/A664-5miR in vitro and in vivo experiments showed increased proliferation/stemness. C19MC+ population is characterized by SHH, WNT, mTOR, Hippo and IGF-signalling and driven by MEIS1, SOX11, ZNF521, RFX4 and NR2F2 TFs. Recurrent ETMRs exhibit a persistent but smaller C19MC+ population. Intriguingly, recurrent tumors were more quiescent with a smaller proliferative population. C19MC is directly involved in driving cell cycle and stemness in ETMRs. Cellular and molecular features of primary and recurrent ETMRs were remarkably different, suggesting that C19MC plays a different role upon recurrence.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».