EPCO-02. MOLECULAR CHARACTERIZATION OF TWO NOVEL MPNST SUBGROUPS IDENTIFIES THERAPEUTIC OPPORTUNITIES
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Malignant peripheral nerve sheath tumors (MPNSTs) are highly aggressive Schwann-cell derived sarcomas. These tumors are resistant to all current therapies, with exception to gross total surgical resection, and unresectable or metastatic tumors are considered incurable. Our understanding of the molecular alterations driving malignant transformation is limited, and to date, targeted therapies have proven ineffective. In this study, we leverage multi-platform genomic and epigenomic profiling of human MPNSTs and neurofibromas to identify targetable molecular pathways that lead to malignant transformation. Unsupervised consensus hierarchical clustering of the top 20K most variable methylated probes yielded seven stable and robust subgroups that are clinically relevant. The high-grade MPNSTs formed two distinct methylation-based clusters (MPNST-G1 and MPNST-G2). MPNST-G1 had worse prognosis compared to MPNST-G2 (0.6 years versus 1.4 years, p < 0.05). PTCH1 loss or SMO gain was prevalent in MPNST-G1 compared to MPNST-G2 (75% vs 12.5%, p < 0.05). In addition, MPNST-G1 harbored PTCH1 CpG island promoter hypermethylation in (87.5% vs 12.5%, p < 0.001). Transcriptome profiling recapitulated the two distinct MPNST subgroups. We next demonstrated that that RB1 signaling pathways are aberrant in both MPNST-G1 and MPNST-G2. However, SHH pathway activation is observed in MPNST-G1, while WNT/CCND1/ ß-catenin pathway activation is observed in MPNST-G2. Network-based drug-disease proximity analysis identified SMO inhibitors as a potential FDA approved drug as a potential targeted therapy. To determine if SHH pathway activation is sufficient for malignant transformation, we knocked out PTCH1 in immortalized neurofibroma cells lines. In 3 different cell lines with PTCH1 knockout, we observed induction of a malignant phenotype, with increased cellular proliferation and invasion. Most importantly, in-vitro and in-vivo models confirm that targeting the SHH pathway, with sonidegib, was effective in inhibiting tumor growth proving SMO inhibition to be a novel therapeutic option in these lethal cancers.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».