Genome-Wide Exploration of Thaumatin-like Protein (TLP) Gene Family in Cereals
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background: TLP genes are the members of a conserved pathogenesis-related protein 5 (PR-5) gene family. They play role in abiotic stress response, hormone signaling, cell death, cold tolerance, enzyme inactivation, fruit maturation and seed germination. In this study, we characterized the TLP gene family in barley with specific emphasis on germination and malting. Results: We identified 19 TLP genes from the reference genome of Hordeum vulgare L. cv. Morex and 37, 28 and 35 TLP genes from the Oryza sativa, Brachypodium distachyon and Sorghum bicolor genome respectively. Comparative phylogenetic analysis and thaumatin domain organization of TLPs using the conserved region classified the TLP family into nine groups. Data revealed that localized gene duplications contributed to the expansion of the TLP gene family in cereals with diverse exon/intron structures. In the barley genome, most HvTLPs were localized on chromosome 5H. The differential spatiotemporal expression pattern of HvTLP genes in barley indicate that TLPs have been expressed predominantly in the embryo, developing grains, root and shoot tissues. Additionally, transcript abundance of HvTLP genes was measured between 16 hrs. to 96 hrs. of grain germination. Differential expression of HvTLP14, HvTLP17 and HvTLP18 in the malting variety (Morex), as compared to the feed variety (Steptoe) at different stages of seed germination indicates their possible role in malting. Conclusion: Barley genome contains higher number (19) of TLP genes as previously thought (8). This study provides a description of the TLP gene family in barley and their differential expression between 16-96 hrs. of germination. The results indicate their possible involvement in the malting process. Keywords: Cereals, Barley, Thaumatin like-proteins, Phylogenetics, Expression analysis
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».