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Enregistrement W3115444894 · doi:10.1371/journal.pgen.1009190

Mouse mutant phenotyping at scale reveals novel genes controlling bone mineral density

2020· article· en· W3115444894 sur OpenAlexafffund
Anna Swan, Christine Schütt, Jan Rozman, Maria del Mar Muñiz Moreno, Stefan Brandmaier, Michelle Simon, Stefanie Leuchtenberger, Mark Griffiths, Robert Brommage, Piia Keskivali-Bond, Harald Grallert, Thomas Werner, Raffaele Teperino, Lore Becker, Gregor Miller, Ala Moshiri, John R. Seavitt, Derek D. Cissell, Terrence F. Meehan, Elif F. Acar, Christopher J. Lelliott, Ann M. Flenniken, Marie‐France Champy, Tania Sorg, Abdel Ayadi, Robert E. Braun, Heather Cater, Mary E. Dickinson, Paul Flicek, Juan Gallegos, Elena J. Ghirardello, Jason D. Heaney, Sylvie Jacquot, Connor Lally, John G. Logan, Lydia Teboul, Jeremy Mason, Nadine Spielmann, Colin McKerlie, Stephen A. Murray, Lauryl M. J. Nutter, Kristian F. Odfalk, Helen Parkinson, Jan Procházka, Corey Reynolds, Mohammed Selloum, František Špoutil, Karen L. Svenson, Taylor S. Vales, Sara Wells, Jacqueline K. White, Radislav Sedláček, Wolfgang Wurst, K. C. Kent Lloyd, Peter I. Croucher, Helmut Fuchs, Graham R. Williams, J. H. Duncan Bassett, Valérie Gailus‐Durner, Yann Hérault, Ann‐Marie Mallon, Steve D. M. Brown, Philipp Mayer‐Kuckuk, Martin Hrabě de Angelis

Notice bibliographique

RevuePLoS Genetics · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueBone Metabolism and Diseases
Établissements canadiensSinai Health SystemLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteUniversity of ManitobaUniversity of TorontoSickKids FoundationToronto Centre for PhenogenomicsHospital for Sick Children
Organismes subventionnairesNational Cancer InstituteNational Eye InstituteCzech Centre for Phenogenomics, Institute of Molecular Genetics of the Czech Academy of SciencesMedical Research CouncilPHENOMINAkademie Věd České RepublikyUniversité de StrasbourgInstitut National de la Santé et de la Recherche MédicaleCentre National de la Recherche ScientifiqueMinisterstvo Školství, Mládeže a TělovýchovyCHIST-ERANational Human Genome Research InstituteWellcome TrustAgence Nationale de la RechercheEuropean Regional Development FundEuropean CommissionUniverzita Karlova v PrazeINFRAFRONTIEREuropean Bioinformatics InstituteNational Institutes of HealthOntario GenomicsGenome CanadaWellcome
Mots-clésBone mineralBiologyOsteoporosisGeneIn silicoBone remodelingBone densityMutantCandidate geneGeneticsEndocrinology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The genetic landscape of diseases associated with changes in bone mineral density (BMD), such as osteoporosis, is only partially understood. Here, we explored data from 3,823 mutant mouse strains for BMD, a measure that is frequently altered in a range of bone pathologies, including osteoporosis. A total of 200 genes were found to significantly affect BMD. This pool of BMD genes comprised 141 genes with previously unknown functions in bone biology and was complementary to pools derived from recent human studies. Nineteen of the 141 genes also caused skeletal abnormalities. Examination of the BMD genes in osteoclasts and osteoblasts underscored BMD pathways, including vesicle transport, in these cells and together with in silico bone turnover studies resulted in the prioritization of candidate genes for further investigation. Overall, the results add novel pathophysiological and molecular insight into bone health and disease.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,009
Score d'incertitude au seuil0,919

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,021
Tête enseignante GPT0,221
Écart entre enseignants0,200 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations30
Publié2020
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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