DNA methylation is associated with airflow obstruction in patients living with HIV
Notice bibliographique
Résumé
Introduction People living with HIV (PLWH) suffer from age-related comorbidities such as COPD. The processes responsible for reduced lung function in PLWH are largely unknown. We performed an epigenome-wide association study to investigate whether blood DNA methylation is associated with impaired lung function in PLWH. Methods Using blood DNA methylation profiles from 161 PLWH, we tested the effect of methylation on FEV 1 , FEV 1 /FVC ratio and FEV 1 decline over a median of 5 years. We evaluated the global methylation of PLWH with airflow obstruction by testing the differential methylation of transposable elements Alu and LINE-1, a well-described marker of epigenetic ageing. Results Airflow obstruction as defined by a FEV 1 /FVC<0.70 was associated with 1393 differentially methylated positions (DMPs), while 4676 were associated with airflow obstruction based on the FEV 1 /FVC<lower limit of normal. These DMPs were enriched for biological pathways associated with chronic viral infections. The airflow obstruction group was globally hypomethylated compared with those without airflow obstruction. 103 and 7112 DMPs were associated with FEV 1 and FEV 1 /FVC, respectively. No positions were associated with FEV 1 decline. Conclusion A large number of DMPs were associated with airflow obstruction and lung function in a unique cohort of PLWH. Airflow obstruction in even relatively young PLWH is associated with global hypomethylation, suggesting advanced epigenetic ageing compared with those with normal lung function. The disturbance of the epigenetic regulation of key genes not previously identified in non-HIV COPD cohorts could explain the unique risk of COPD in PLWH.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».