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Enregistrement W3115723692

Effects of Formaldehyde on DNA: A Molecular Dynamics Study of Formaldehyde Adducts

2018· article· en· W3115723692 sur OpenAlex

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.

Notice bibliographique

RevueURSCA Proceedings · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineEnvironmental Science
ThématiqueIndoor Air Quality and Microbial Exposure
Établissements canadiensUniversity of Lethbridge
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésNucleobaseChemistryGuanineMoietyDNAAdductMolecular Structure of Nucleic Acids: A Structure for Deoxyribose Nucleic AcidHydrogen bondMolecular dynamicsStereochemistryDNA adductDNA damageFormaldehydeStackingBiochemistryBase pairComputational chemistryMoleculeOrganic chemistryNucleotideGene
DOInon disponible

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Formaldehyde is a known carcinogen, which damages and mutates DNA in the cells of mammals. Acute and chronic exposure to formaldehyde may occur in both occupational settings (e.g., embalmers) and from several household products (e.g., insulation, particle boards, and carpeting). Upon human exposure to formaldehyde, several DNA adducts may be formed, including those with the amino groups of guanine (denoted CH2OH-N2-G), cytosine (CH2OH-N4-C), and adenine (CH2OH-N6-A). Each of these adducts consists of a methoxy moiety linked to the exocyclic amino group of the respective DNA nucleobase. The methoxy moiety can interfere with several noncovalent interactions within a DNA helix, including Watson-Crick hydrogen bonding, Hoogsteen hydrogen bonding, and stacking interactions between neighboring DNA nucleobases. These interactions are essential to the normal function of DNA and their disruption could lead to mutations when DNA is copied, which in turn lead to health effects such as cancer. Although insight into the implications on formaldehyde adducts are currently lacking from experimental studies, computational chemistry can be used to predict the effects of the methoxy moiety on the nucleobase interactions and the mutagenicity of these adducts. In the current study, molecular dynamics (MD) simulations, along with advanced structural analysis and energy calculations, were used to study the preferred conformations of the nucleobase within damaged DNA, and thereby characterize the structural impacts of this damage. Using this analysis, key insight was gained into the mutagenicity of the CH2OH adducts and the data obtained can be used to direct future biochemical studies of the harmful effects of these lesions. *Indicates presenter

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,048
Score d'incertitude au seuil0,775

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,004
Tête enseignante GPT0,212
Écart entre enseignants0,207 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle