Combining Rational Design and Continuous Evolution on Minimalist Proteins That Target the E-box DNA Site
Notice bibliographique
Résumé
Protein-based therapeutics are part of the next-generation arsenal of drugs being developed against proto-oncoprotein Myc. We designed protein MEF to mimic the basic region/helix-loop-helix/leucine zipper (bHLHZ) domain of Max and Myc, which bind to the E-box motif (enhancer box, CACGTG). To make MEF, we started with our rationally designed ME47, a hybrid of the Max basic region and E47 HLH, that effectively inhibited tumor growth in a mouse model of breast cancer. We used phage-assisted continuous evolution (PACE), which uncovered mutations at Arg12 that contact the DNA phosphodiester backbone. The Arg12 mutations improved ME47’s stability. We replaced Cys29 with Ala to eliminate potential undesired disulfide formation and fused the designed FosW leucine zipper to mutated ME47 to increase the dimerization interface and E-box targeting activity. This “franken-protein” MEF comprises the Max basic region, E47 HLH, and FosW leucine zipper. Compared with ME47, MEF gives 2-fold stronger binding to E-box and 4-fold increased specificity for E-box over nonspecific DNA. The synergistic combination of rational design and PACE allowed us to make MEF and demonstrates the power and utility of our two-pronged approach toward development of promising protein drugs with robust structure and DNA-binding function.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».