Accurate and efficient detection of gene fusions from RNA sequencing data
Pourquoi ce travail est-il dans la base ?
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Aucune affiliation canadienne. Une base fondée sur la seule affiliation (le devis habituel) n'aurait jamais vu ce travail. C'est l'un des travaux qui justifient l'inversion de la base.
Scores machine (provisoires)
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
- Écart entre enseignants
- 0,183 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
- Statut de validation
score_only:v0-immature-baseline· tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle
Résumé
The identification of gene fusions from RNA sequencing data is a routine task in cancer research and precision oncology. However, despite the availability of many computational tools, fusion detection remains challenging. Existing methods suffer from poor prediction accuracy and are computationally demanding. We developed Arriba, a novel fusion detection algorithm with high sensitivity and short runtime. When applied to a large collection of published pancreatic cancer samples ( n = 803), Arriba identified a variety of driver fusions, many of which affected druggable proteins, including ALK, BRAF, FGFR2, NRG1, NTRK1, NTRK3, RET, and ROS1. The fusions were significantly associated with KRAS wild-type tumors and involved proteins stimulating the MAPK signaling pathway, suggesting that they substitute for activating mutations in KRAS . In addition, we confirmed the transforming potential of two novel fusions, RRBP1 - RAF1 and RASGRP1 - ATP1A1 , in cellular assays. These results show Arriba's utility in both basic cancer research and clinical translation.
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La notice
- Revue
- Genome Research
- Thématique
- Pancreatic and Hepatic Oncology Research
- Domaine
- Medicine
- Établissements canadiens
- —
- Organismes subventionnaires
- Heidelberger Zentrum für Personalisierte Onkologie Deutsches Krebsforschungszentrum In Der Helmholtz-GemeinschaftNationales Centrum für Tumorerkrankungen HeidelbergOntario Institute for Cancer ResearchGovernment of OntarioDeutsches Krebsforschungszentrum
- Mots-clés
- KRASBiologyFusion geneROS1Computational biologyDruggabilityGeneCancerIdentification (biology)Cancer researchBioinformaticsMutationGeneticsAdenocarcinoma
- Résumé présent dans OpenAlex
- oui