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Enregistrement W3118288262 · doi:10.1038/s41398-020-01148-y

Exemplar scoring identifies genetically separable phenotypes of lithium responsive bipolar disorder

2021· article· en· W3118288262 sur OpenAlexafffund
Abraham Nunes, William L. Stone, Raffaella Ardau, Anne Berghöfer, Alberto Bocchetta, Caterina Chillotti, Valeria Deiana, Franziska Degenhardt, Andreas J. Forstner, Julie Garnham, Eva Grof, Tomáš Hájek, Mirko Manchia, Manuel Mattheisen, Francis J. McMahon, B. Müller‐Oerlinghausen, Markus M. Nöthen, Marco Pinna, Claudia Pisanu, Claire O’Donovan, Marcella Rietschel, Guy A. Rouleau, Thomas G. Schulze, Giovanni Severino, Claire Slaney, Alessio Squassina, Aleksandra Suwalska, Gustavo Turecki, Rudolf Uher, P Zvolský, Pablo Cervantes, Maria Del Zompo, Paul Grof, Janusz Rybakowski, Leonardo Tondo, Thomas Trappenberg, Martin Alda

Notice bibliographique

RevueTranslational Psychiatry · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueBipolar Disorder and Treatment
Établissements canadiensMcGill University Health CentreMcGill UniversityUniversity of TorontoMontreal Neurological Institute and HospitalDalhousie University
Organismes subventionnairesGenome AtlanticKillam TrustsDalhousie UniversityBundesministerium für Bildung und ForschungNova Scotia Health Research FoundationCanadian Institutes of Health ResearchGenome CanadaCanada Research ChairsGovernment of CanadaDalhousie Medical Research Foundation
Mots-clésBipolar disorderSchizophrenia (object-oriented programming)PhenotypeReceiver operating characteristicPsychologyMajor depressive disorderMedicineMoodClinical trialClinical psychologyPsychiatryInternal medicineGeneticsBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Predicting lithium response (LiR) in bipolar disorder (BD) may inform treatment planning, but phenotypic heterogeneity complicates discovery of genomic markers. We hypothesized that patients with "exemplary phenotypes"-those whose clinical features are reliably associated with LiR and non-response (LiNR)-are more genetically separable than those with less exemplary phenotypes. Using clinical data collected from people with BD (n = 1266 across 7 centers; 34.7% responders), we computed a "clinical exemplar score," which measures the degree to which a subject's clinical phenotype is reliably predictive of LiR/LiNR. For patients whose genotypes were available (n = 321), we evaluated whether a subgroup of responders/non-responders with the top 25% of clinical exemplar scores (the "best clinical exemplars") were more accurately classified based on genetic data, compared to a subgroup with the lowest 25% of clinical exemplar scores (the "poor clinical exemplars"). On average, the best clinical exemplars of LiR had a later illness onset, completely episodic clinical course, absence of rapid cycling and psychosis, and few psychiatric comorbidities. The best clinical exemplars of LiR and LiNR were genetically separable with an area under the receiver operating characteristic curve of 0.88 (IQR [0.83, 0.98]), compared to 0.66 [0.61, 0.80] (p = 0.0032) among poor clinical exemplars. Variants in the Alzheimer's amyloid-secretase pathway, along with G-protein-coupled receptor, muscarinic acetylcholine, and histamine H1R signaling pathways were informative predictors. This study must be replicated on larger samples and extended to predict response to other mood stabilizers.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,196
Score d'incertitude au seuil0,665

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,281
Écart entre enseignants0,267 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations34
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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