<i>Neisseria gonorrhoeae</i>Sequence Typing for Antimicrobial Resistance (NG-STAR) clonal complexes are consistent with genomic phylogeny and provide simple nomenclature, rapid visualization and antimicrobial resistance (AMR) lineage predictions
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVES: Surveillance of antimicrobial resistance (AMR) in Neisseria gonorrhoeae, supported by molecular typing, ideally through genome sequencing, is imperative. We defined N. gonorrhoeae Sequence Typing for Antimicrobial Resistance (NG-STAR) clonal complexes (CCs) and validated their usefulness in gonococcal AMR surveillance. METHODS: All NG-STAR alleles and STs available in the public database (https://ngstar.canada.ca/) were analysed using PHYLOViZ 2.0 to define CCs according to the closest founder ST with ≥5 identical alleles and founding ST with the highest number of links. The published 2013 European gonococcal dataset (n = 1054), the 2016 WHO reference strain panel (n = 14) and N. gonorrhoeae isolates with ceftriaxone resistance determinant penA-60.001 (n = 7) from several countries were used for validation. RESULTS: The majority of the isolates (n = 1063) were designated to 71 CCs. The most common CC was CC90 (n = 194), followed by CC63 (n = 166), CC139 (n = 73), CC158 (n = 73) and CC127 (n = 62). CC90 included isolates belonging to the internationally spread MDR clone N. gonorrhoeae Multi-Antigen Sequence Typing (NG-MAST) G1407 (predominantly MLST ST1901). The ceftriaxone-resistant isolates with penA-60.001 (n = 7) belonged to CC73 or STs linking between CC90 and CC73 (ST233 and ST1133). Phylogenomic analysis revealed that NG-STAR CCs more appropriately correlated to phylogenomic AMR clusters compared with MLST STs, NG-MAST STs, NG-MAST genogroups and NG-STAR STs. CONCLUSIONS: NG-STAR CCs: are consistent with the gonococcal genome phylogeny; allow rapid visualizations with limited computational requirements; provide a simple, reproducible and portable nomenclature (for WGS and conventional Sanger sequencing data); and predict AMR lineages. Phenotypic AMR surveillance, supplemented with WGS, is imperative and NG-STAR CCs can effectively support this.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».