Lessons learned from the prenatal microbiome controversy
Notice bibliographique
Résumé
For more than a century, the prenatal environment was considered sterile. Over the last few years, findings obtained with next-generation sequencing approaches from samples of the placenta, the amniotic fluid, meconium, and even fetal tissues have challenged the dogma of a sterile womb, and additional reports have emerged that used culture, microscopy, and quantitative PCR to support the presence of a low-biomass microbial community at prenatal sites. Given the substantial implications of prenatal exposure to microbes for the development and health of the host, the findings have gathered substantial interest from academics, high impact journals, the public press, and funding agencies. However, an increasing number of studies have challenged the prenatal microbiome identifying contamination as a major issue, and scientists that remained skeptical have pointed to inconsistencies with in utero colonization, the impact of c-sections on early microbiome assembly, and the ability to generate germ-free mammals. A lively academic controversy has emerged on the existence of the wider importance of prenatal microbial communities. Microbiome has asked experts to discuss these issues and provide their thoughts on the implications. To allow for a broader perspective of this discussion, we have specifically selected scientists, who have a long-standing expertise in microbiome sciences but who have not directly been involved in the debate so far.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,028 | 0,047 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,004 | 0,017 |
| Communication savante | 0,007 | 0,018 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,007 |
| Intégrité de la recherche | 0,013 | 0,028 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,010 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».