A large genome with chromosome‐scale assembly sheds light on the evolutionary success of a true toad (<i>Bufo gargarizans</i>)
Notice bibliographique
Résumé
Abstract We present a high‐quality genome assembly for the Asiatic toad (Bufo gargarizans) and explore the evolution of several large gene families in amphibians. With a large genome assembly size of 4.55 Gb, the chromosome‐scale assembly includes 747 scaffolds with an N50 of 539.8 Mb and 1.79% gaps. Long terminal repeats (LTRs) constitute a high proportion of the genome and their expansion is a key contributor to the inflated genome size in this species. This is very different from other small amphibian genomes, but similar to that of the enormous axolotl genome. The genome retains a large number of duplicated genes, with tandem (TD) and proximal duplications (PD) the predominant mode of duplication. A total of 122 gene families have undergone significant expansion and were mainly enriched in sensory perception of smell and bitter taste. The CYP2C subfamily, which plays an important role in metabolic detoxification, specifically expanded via TD and PD in the Asiatic toad and the cane toad (true toads). Most of Na+/K+‐ATPase genes experienced accelerated evolution along Bufonid lineages and two amino acid sites involving toad‐toxin resistance were found to experience positive selection. We also revealed a dynamic evolution of olfactory and vomeronasal receptor gene families which was likely driven by the water‐to‐land transition. The high‐quality genome of the Asiatic toad will provide a solid foundation to understand the genetic basis of its many biological processes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».