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Enregistrement W3120099202 · doi:10.1136/gutjnl-2020-321534

Genetic architectures of proximal and distal colorectal cancer are partly distinct

2021· review· en· W3120099202 sur OpenAlexafffund
Jeroen R. Huyghe, Tabitha A. Harrison, Stephanie A. Bien, Heather Hampel, Jane C. Figueiredo, Stephanie L. Schmit, David V. Conti, Sai Chen, Conghui Qu, Yi Lin, Richard Barfield, John A. Baron, Amanda J. Cross, Brenda Diergaarde, David Duggan, Sophia Harlid, Liher Imaz, Hyun Min Kang, David Levine, Vittorio Perduca, Aurora Perez‐Cornago, Lori C. Sakoda, Fredrick R. Schumacher, Martha L. Slattery, Amanda E. Toland, Fränzel J.B. van Duijnhoven, Bethany Van Guelpen, Antonio Agudo, Demetrius Albanes, M. Henar Alonso, Kristin E. Anderson, Coral Arnau‐Collell, Volker Arndt, Barbara L. Banbury, Michael C. Bassik, Sonja I. Berndt, Stéphane Bezieau, D. Timothy Bishop, Juergen Boehm, Heiner Boeing, Marie‐Christine Boutron‐Ruault, Hermann Brenner, Stefanie Brezina, Stephan Buch, Daniel D. Buchanan, Andrea N. Burnett‐Hartman, Bette J. Caan, Peter T. Campbell, Prudence R. Carr, Antoni Castells, Sergi Castellvı́-Bel, Andrew T. Chan, Jenny Chang‐Claude, Stephen J. Chanock, Keith R. Curtis, Albert de la Chapelle, Douglas F. Easton, Dallas R. English, Edith J. M. Feskens, Manish Gala, Steven Gallinger, W. James Gauderman, Graham G. Giles, Phyllis J. Goodman, William M. Grady, John Grove, Andrea Gsur, Marc J. Gunter, Robert W. Haile, Jochen Hampe, Michael Hoffmeister, John L. Hopper, Wan‐Ling Hsu, Wen‐Yi Huang, Thomas J. Hudson, Mazda Jenab, Mark A. Jenkins, Amit D. Joshi, Temitope O. Keku, Charles Kooperberg, Tilman Kühn, Sébastien Küry, Loı̈c Le Marchand, Flavio Lejbkowicz, Christopher I. Li, Li Li, Wolfgang Lieb, Annika Lindblom, Noralane M. Lindor, Satu Männistö, Sanford D. Markowitz, Roger L. Milne, Lorena Moreno, Neil Murphy, Rami Nassir, Kenneth Offit, Shuji Ogino, Salvatore Panico, Patrick S. Parfrey, Rachel Pearlman, Paul D.P. Pharoah, Amanda I. Phipps, Elizabeth A. Platz, John D. Potter, Ross L. Prentice, Lihong Qi, Leon Raskin, Gad Rennert, Hedy S. Rennert, Elio Ríboli, Clemens Schafmayer, Robert E. Schoen, Daniela Seminara, Mingyang Song, Yu‐Ru Su, Catherine M. Tangen, Stephen N. Thibodeau, Duncan C. Thomas, Antonia Trichopoulou, Cornelia M. Ulrich, Kala Visvanathan, Pavel Vodička, Ludmila Vodičková, Veronika Vymetálková, Korbinian Weigl, Stephanie J. Weinstein, Emily White, Alicja Wolk, Michael O. Woods, Anna H. Wu, Gonçalo R. Abecasis, Deborah A. Nickerson, Peter C. Scacheri, Anshul Kundaje, Graham Casey, Stephen B. Gruber, Li Hsu, Vı́ctor Moreno, Richard B. Hayes, Polly A. Newcomb, Ulrike Peters

Notice bibliographique

RevueGut · 2021
Typereview
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic Associations and Epidemiology
Établissements canadiensMemorial University of NewfoundlandLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteOntario Institute for Cancer ResearchUniversity of TorontoMount Sinai Hospital
Organismes subventionnairesNational Cancer InstituteNational Heart, Lung, and Blood InstituteSchool of Public Health, Imperial College LondonInstituto de Salud Carlos IIIWorld Cancer Research FundNational Center for Advancing Translational SciencesMedicinska fakulteten, Umeå UniversitetMedical Research CouncilCanadian Cancer Society Research InstituteCenters for Disease Control and PreventionHellenic Health FoundationGroupement des Entreprises Françaises dans la lutte contre le CancerNational Institutes of HealthCentre Hospitalier Universitaire de NantesInstitut Gustave-RoussyDeutsche KrebshilfeAssociazione Italiana per la Ricerca sul CancroNordForskVetenskapsrådetCanadian Institutes of Health ResearchCancerfondenInstitut National de la Santé et de la Recherche MédicaleImperial College LondonOntario Ministry of Research and InnovationCancer Research Foundation in Northern SwedenUniverzita Karlova v PrazeDeutsches KrebsforschungszentrumLigue Contre le CancerBundesministerium für Bildung und ForschungAssociation Anne de Bretagne GenetiqueDivision of Cancer Prevention, National Cancer InstituteNational Institute for Health and Care ResearchStockholms Läns LandstingPelotoniaVästerbotten Läns LandstingMutuelle Générale de l'Education NationaleKempe FoundationJohns Hopkins UniversityUmeå UniversitetMinisterstvo Zdravotnictví Ceské RepublikyEuropean CommissionCancer Research UKWorld Health OrganizationConseil Régional des Pays de la LoireUniversity of CambridgeU.S. Department of Health and Human Services
Mots-clésGenome-wide association studyColorectal cancerGenetic associationCarcinogenesisGenetic heterogeneityBiologyGeneticsGenetic architectureCancerBioinformaticsMedicineComputational biologyGenePhenotypeSingle-nucleotide polymorphismGenotype

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

OBJECTIVE: An understanding of the etiologic heterogeneity of colorectal cancer (CRC) is critical for improving precision prevention, including individualized screening recommendations and the discovery of novel drug targets and repurposable drug candidates for chemoprevention. Known differences in molecular characteristics and environmental risk factors among tumors arising in different locations of the colorectum suggest partly distinct mechanisms of carcinogenesis. The extent to which the contribution of inherited genetic risk factors for CRC differs by anatomical subsite of the primary tumor has not been examined. DESIGN: To identify new anatomical subsite-specific risk loci, we performed genome-wide association study (GWAS) meta-analyses including data of 48 214 CRC cases and 64 159 controls of European ancestry. We characterised effect heterogeneity at CRC risk loci using multinomial modelling. RESULTS: ) and that were not reported by previous GWASs for overall CRC risk. Multiple lines of evidence support candidate genes at several of these loci. We detected substantial heterogeneity between anatomical subsites. Just over half (61) of 109 known and new risk variants showed no evidence for heterogeneity. In contrast, 22 variants showed association with distal CRC (including rectal cancer), but no evidence for association or an attenuated association with proximal CRC. For two loci, there was strong evidence for effects confined to proximal colon cancer. CONCLUSION: Genetic architectures of proximal and distal CRC are partly distinct. Studies of risk factors and mechanisms of carcinogenesis, and precision prevention strategies should take into consideration the anatomical subsite of the tumour.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,965
Score d'incertitude au seuil0,838

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,022
Tête enseignante GPT0,318
Écart entre enseignants0,296 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations79
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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