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Enregistrement W3120866514 · doi:10.1038/s41467-020-20368-w

A comprehensive re-assessment of the association between vitamin D and cancer susceptibility using Mendelian randomization

2021· article· en· W3120866514 sur OpenAlexafffund
Jue‐Sheng Ong, Suzanne C. Dixon‐Suen, Xikun Han, Jiyuan An, Rebecca C. Fitzgerald, Matt Buas, Marilie D. Gammon, Douglas A. Corley, Nicholas J. Shaheen, Laura J. Hardie, Nigel C. Bird, Brian J. Reid, Wong‐Ho Chow, Harvey A. Risch, Weimin Ye, Geoffrey Liu, Yvonne Romero, Leslie Bernstein, Anna H. Wu, David E. Whiteman, Thomas E. Vaughan, Michelle Agee, Babak Alipanahi, A. Auton, R. K. Bell, Katarzyna Bryc, Sarah L. Elson, Pierre Fontanillas, Nicholas A. Furlotte, D. A. Hinds, Karen E. Huber, Aaron Kleinman, Nadia K. Litterman, M. H. McIntyre, J. L. Mountain, Elizabeth S. Noblin, Carrie A. M. Northover, Steven J. Pitts, J. Fah Sathirapongsasuti, Olga V. Sazonova, Janie F. Shelton, Suyash Shringarpure, C Tian, Joyce Y. Tung, Vladimir Vacic, Catherine H. Wilson, Upekha E. Liyanage, Jean-Cluade Dusingize, Johannes Schumacher, Ines Gockel, Anne C. Böhmer, Janusz Jankowski, Claire Palles, Tracy A. O’Mara, Amanda B. Spurdle, Matthew H. Law, Mark M. Iles, Paul D.P. Pharoah, Andrew Berchuck, Wei Zheng, Aaron P. Thrift, Catherine M. Olsen, Rachel Ε. Neale, Puya Gharahkhani, Penelope M. Webb, Stuart MacGregor

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic Associations and Epidemiology
Établissements canadiensOntario Institute for Cancer Research
Organismes subventionnairesCancer Council VictoriaMedical Research CouncilCanadian Institutes of Health ResearchNorthwest Regional Development AgencyDiabetes UKNational Cancer InstituteBritish Heart FoundationNational Institute for Health and Care ResearchQIMR Berghofer Medical Research InstituteProstate Cancer Foundation of AustraliaCancer Research InstituteRoyal Marsden NHS Foundation TrustRosetrees TrustEuropean CommissionPancreatic Cancer UKBreast Cancer Research FoundationWellcome TrustProstate Cancer FoundationNational Cancer Research InstituteNational Institutes of HealthOvarian Cancer Research FundNational Health and Medical Research CouncilCancer Research UK
Mots-clésMendelian randomizationPleiotropySingle-nucleotide polymorphismCancerVitamin D and neurologyOvarian cancerConfidence intervalInternal medicineMedicineOncologyBioinformaticsBiologyGeneticsGenetic variantsGenePhenotypeGenotype

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Previous Mendelian randomization (MR) studies on 25-hydroxyvitamin D (25(OH)D) and cancer have typically adopted a handful of variants and found no relationship between 25(OH)D and cancer; however, issues of horizontal pleiotropy cannot be reliably addressed. Using a larger set of variants associated with 25(OH)D (74 SNPs, up from 6 previously), we perform a unified MR analysis to re-evaluate the relationship between 25(OH)D and ten cancers. Our findings are broadly consistent with previous MR studies indicating no relationship, apart from ovarian cancers (OR 0.89; 95% C.I: 0.82 to 0.96 per 1 SD change in 25(OH)D concentration) and basal cell carcinoma (OR 1.16; 95% C.I.: 1.04 to 1.28). However, after adjustment for pigmentation related variables in a multivariable MR framework, the BCC findings were attenuated. Here we report that lower 25(OH)D is unlikely to be a causal risk factor for most cancers, with our study providing more precise confidence intervals than previously possible.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,034
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,078
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,034
Score d'incertitude au seuil0,181

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0340,078
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0030,003
Bibliométrie0,0030,002
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0020,001
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0050,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,031
Tête enseignante GPT0,359
Écart entre enseignants0,329 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations59
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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