Identification and characterization of a G-quadruplex structure in the pre-core promoter region of hepatitis B virus
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Worldwide, ∼250 million people are chronically infected with the hepatitis B virus (HBV) and are at increased risk of cirrhosis and hepatocellular carcinoma. The HBV persists as covalently closed circular DNA (cccDNA), which acts as the template for all HBV mRNA transcripts. Nucleos(t)ide analogs do not directly target the HBV cccDNA and cannot eradicate the HBV. We have discovered a unique structural motif, a G-quadruplex in HBV’s pre-core promoter region that is conserved amongst nearly all genotypes, and is central to critical steps in the viral life-cycle including the production of pre-genomic RNA, core and polymerase proteins, and encapsidation. Thus, an increased understanding of the HBV pre-core may lead to the development of novel anti-HBV cccDNA targets. We utilized biophysical methods to characterize the presence of the G-quadruplex, employed assays using a known quadruplex- binding protein (DHX36) to pull-down HBV cccDNA, and compared HBV infection in HepG2 cells transfected with wild-type and mutant HBV plasmids. This study provides insights into the presence of a G-quadruplex in the HBV pre-core promoter region essential for HBV replication. The evaluation of this critical host-protein interaction site in the HBV cccDNA may ultimately facilitate the development of novel anti-HBV therapeutics against the resilient cccDNA template.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».