Limosilactobacillus balticus sp. nov., Limosilactobacillus agrestis sp. nov., Limosilactobacillus albertensis sp. nov., Limosilactobacillus rudii sp. nov. and Limosilactobacillus fastidiosus sp. nov., five novel Limosilactobacillus species isolated from the vertebrate gastrointestinal tract, and proposal of six subspecies of Limosilactobacillus reuteri adapted to the gastrointestinal tract of specific vertebrate hosts
Notice bibliographique
Résumé
Ten strains, BG-AF3-A T , pH52_RY, WF-MT5-A T , BG-MG3-A, Lr3000 T , RRLNB_1_1, STM3_1 T , STM2_1, WF-MO7-1 T and WF-MA3-C, were isolated from intestinal or faecal samples of rodents, pheasant and primate. 16S rRNA gene analysis identified them as Limosilactobacillus reuteri . However, average nucleotide identity and digital DNA–DNA hybridization values based on whole genomes were below 95 and 70 %, respectively, and thus below the threshold levels for bacterial species delineation. Based on genomic, chemotaxonomic and morphological analyses, we propose five novel species with the names Limosilactobacillus balticus sp. nov. (type strain BG-AF3-A T =DSM 110574 T =LMG 31633 T ), Limosilactobacillus agrestis sp. nov. (type strain WF-MT5-A T =DSM 110569 T =LMG 31629 T ), Limosilactobacillus albertensis sp. nov. (type strain Lr3000 T =DSM 110573 T =LMG 31632 T ), Limosilactobacillus rudii sp. nov. (type strain STM3_1 T =DSM 110572 T =LMG 31631 T ) and Limosilactobacillus fastidiosus sp. nov. (type strain WF-MO7-1 T =DSM 110576 T =LMG 31630 T ). Core genome phylogeny and experimental evidence of host adaptation of strains of L. reuteri further provide a strong rationale to consider a number of distinct lineages within this species as subspecies. Here we propose six subspecies of L. reuteri : L. reuteri subsp. kinnaridis subsp. nov. (type strain AP3 T =DSM 110703 T =LMG 31724 T ), L. reuteri subsp. porcinus subsp. nov. (type strain 3c6 T =DSM 110571 T =LMG 31635 T ), L. reuteri subsp. murium subsp. nov. (type strain lpuph1 T =DSM 110570 T =LMG 31634 T ), L. reuteri subsp. reuteri subsp. nov. (type strain F 275 T =DSM 20016 T =ATCC 23272 T ), L. reuteri subsp. suis subsp. nov. (type strain 1063 T =ATCC 53608 T =LMG 31752 T ) and L. reuteri subsp. rodentium subsp. nov. (type strain 100-23 T =DSM 17509 T =CIP 109821 T ).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,004 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,003 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».