Geography, not host identity, shapes bacterial community in reindeer lichens
Notice bibliographique
Résumé
Background and Aims Tremendous progress have been recently achieved in host-microbe research, however, there is still a surprising lack of knowledge in many taxa. Despite its dominance and crucial role in boreal forest, reindeer lichens have until now received little attention. We characterize, for the first time, the bacterial community of four species of reindeer lichens from Eastern North America’s boreal forests. We analysed the effect of two factors (host-identity and geography) in the bacterial community composition, we verified the presence of a common core bacteriota and identified the most abundant core taxa. Methods Morphological and molecular lichen species delimitation was performed based on the ITS region. The bacterial community of around 200 lichen samples was characterised using the 16S rRNA gene. Key Results Our results showed that host-lichen identity does not determine bacterial community composition in reindeer lichens, but we confirmed the influence of geography in shaping the diversity and abundance of bacteria associated to the species Cladonia stellaris from lichen woodlands. We also revealed that reindeer lichens share a reduced common core bacteriota composed exclusively by Proteobacteria. Conclusions The bacterial community in reindeer lichens is not host-selective. Northern lichen woodlands exhibit a significant higher diversity and abundance of bacteria associated to Cladonia stellaris . Nevertheless, the specific role of those bacteria as well as the process of host colonization remains to be determined. Elucidating these two aspects would be key to have a better understanding of the whole boreal ecosystems. The reduced and not diverse core bacteriota of reindeer lichens might be due to the larger size of our study area. The presence of the species Methylorosula polaris in the core bacteriota is evident and might have a particular importance for reindeer lichens.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».