Genome-Wide Identification and Characterization of the IGT Gene Family in Allotetraploid Rapeseed ( <i>Brassica napus</i> L.)
Notice bibliographique
Résumé
IGT family genes function critically to regulate lateral organ orientation in plants. However, little information is available about this family of genes in Brassica napus. In this study, 27 BnIGT genes were identified on 16 chromosomes and divided into seven clades, namely LAZY1∼LAZY6 and TAC1 (Tiller Angle Control 1), based on their phylogenetic relationships. Duplication analysis revealed that 91.1% of the gene pairs were derived from whole-genome duplication. Most BnIGT genes had a similar structural pattern with one or two very short exons followed by a long and a shorter exon. Common and specific motifs were identified among the seven clades, and motif 1, containing the family-specific GφL(A/T)IGT sequence, was observed in all clades except LAZY5. Three types of cis-elements pertinent to transcription factor binding, light responses, and hormone signaling were detected in the BnIGT promoters. Intriguingly, more than half of the BnIGT genes exhibited no or very low expression in various tissues, and the LAZY1 and TAC1 clade members showed distinct tissue expression preferences. Coexpression analysis revealed that the LAZY1 members had strong associations with cell wall biosynthesis genes. This analysis provides a deeper understanding of the BnIGT gene family and will facilitate further deduction of their role in regulating plant architecture in B. napus.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».