Longitudinal assessment revealed the shifts in rumen and colon mucosal-attached microbiota of dairy calves during weaning transition
Notice bibliographique
Résumé
The objectives of this study were to investigate the shifts in rumen and colon mucosa-associated microbiota in dairy calves fed a high milk replacer feeding rate before and after weaning and to determine whether such shifts are associated with tissue physiological measures. Longitudinal biopsy was performed to collect rumen and colon mucosal tissues of 4 ruminally cannulated Holstein dairy bull calves (weaned at 6 wk of age) at the end of wk 5 (before weaning), 7 (weaning adaptation) and 12 (after weaning), and were used to assess mucosa-associated microbiota and their changes using amplicon sequencing. Both rumen and colon mucosa-associated bacterial communities shifted during the weaning process, as evidenced by their clear separation among 3 different weaning periods and increased α diversity (Shannon and Chao1 indices) during weaning transition. Among the 3 dominant bacterial phyla identified (relative abundance >1.0%), the relative abundance of Proteobacteria and Bacteroidetes decreased in the rumen mucosa, whereas the relative abundance of Firmicutes increased in both rumen and colon mucosa during weaning transition. In the rumen mucosa, Campylobacter (0.6-22.1%) gradually became prevalent during weaning transition, whereas Succinivibrio (6.2-10.3%) and Prevotella 1 (4.7-10.5%) were dominant regardless of weaning transition. In the colon mucosa, Bacteroides (12.8-25.4%) was dominant during weaning transition, although its relative abundance decreased after weaning. In the meantime, relative abundance of uncultured Lachnospiraceae increased from 2.2% to 25.7% during this period. In addition, genera Pyramidobacter (in the rumen mucosa) and Lachnoclostridium (in the colon mucosa) were positively correlated with rumen papilla surface area and colon mucosal thickness, respectively. Moreover, genera Ruminococcaceae UCG-005 and Sharpea in the rumen mucosa were positively correlated with the molar proportion of propionate and butyrate, respectively. Overall, our findings revealed that rumen and colon mucosa-associated bacterial communities altered in response to the weaning transition, and some bacterial taxa in these communities may have positive effects on rumen and colon mucosa development during this period.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».