Cross-species examination of X-chromosome inactivation highlights domains of escape from silencing
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: X-chromosome inactivation (XCI) in eutherian mammals is the epigenetic inactivation of one of the two X chromosomes in XX females in order to compensate for dosage differences with XY males. Not all genes are inactivated, and the proportion escaping from inactivation varies between human and mouse (the two species that have been extensively studied). RESULTS: We used DNA methylation to predict the XCI status of X-linked genes with CpG islands across 12 different species: human, chimp, bonobo, gorilla, orangutan, mouse, cow, sheep, goat, pig, horse and dog. We determined the XCI status of 342 CpG islands on average per species, with most species having 80-90% of genes subject to XCI. Mouse was an outlier, with a higher proportion of genes subject to XCI than found in other species. Sixteen genes were found to have discordant X-chromosome inactivation statuses across multiple species, with five of these showing primate-specific escape from XCI. These discordant genes tended to cluster together within the X chromosome, along with genes with similar patterns of escape from XCI. CTCF-binding, ATAC-seq signal and LTR repeats were enriched at genes escaping XCI when compared to genes subject to XCI; however, enrichment was only observed in three or four of the species tested. LINE and DNA repeats showed enrichment around subject genes, but again not in a consistent subset of species. CONCLUSIONS: In this study, we determined XCI status across 12 species, showing mouse to be an outlier with few genes that escape inactivation. Inactivation status is largely conserved across species. The clustering of genes that change XCI status across species implicates a domain-level control. In contrast, the relatively consistent, but not universal correlation of inactivation status with enrichment of repetitive elements or CTCF binding at promoters demonstrates gene-based influences on inactivation state. This study broadens enrichment analysis of regulatory elements to species beyond human and mouse.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».