Impact of exposures to persistent endocrine disrupting compounds on the sperm methylome in regions associated with neurodevelopmental disorders
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Although autism spectrum disorder (ASD) is among the most heritable of neurodevelopmental disorders, the rapidly rising prevalence of ASD suggests that environmental factors may interact with genetic risk for ASD. Environmental factors may impact both gene expression and phenotypes in ASD through epigenetic modifications that, in turn, could lead to intergenerational effects influencing risk for ASDs. Endocrine disrupting compounds (EDCs), such as the long-lived organochlorines, are of particular interest with respect to risk for autism because of their ability to interfere with sex hormones that have been implicated in the regulation of RORA , a dysregulated gene in ASD that is a master regulator of many other ASD risk genes. Objectives The specific aims of this study are to: 1) investigate whether high versus low exposures to the persistent organochlorine 1,1-dichloro-2,2-bis(p-chlorophenyl)ethylene (DDE) are associated with differentially methylated regions (DMRs) in sperm from a Faroese cohort whose natural diet of pilot whale meat and blubber exposes them to higher than average levels of organic pollutants; 2) determine if genes associated with DDE DMRs are enriched for ASD risk genes; 3) identify pathways and functions over-represented among genes associated with DMRs. Methods Whole genome bisulfite sequencing (WGBS) was used to identify genome-wide DMRs in sperm from individuals divided by high and low exposure levels. Gene ontology and pathway analyses were used to determine enrichment in functional relationships to ASD. Results Genes in DMRs not only could discriminate between high and low exposures to DDE, but also were enriched in autism risk genes. Gene ontology and pathway analyses of these genes show significant enrichment for neurodevelopmental processes frequently impacted by ASD. Conclusion Results of this study show that elevated exposure to certain organochlorines is associated with genome-wide DNA methylation patterns in sperm affecting genes involved in neurological functions and developmental disorders, including ASD.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».