Comparative genomics of ST5 and ST30 methicillin-resistant Staphylococcus aureus sequential isolates recovered from paediatric patients with cystic fibrosis
Notice bibliographique
Résumé
Staphylococcus aureus chronic airway infection in patients with cystic fibrosis (CF) allows this pathogen to adapt over time in response to different selection pressures. We have previously shown that the main sequence types related to community-acquired methicillin-resistant S. aureus (MRSA) infections in Argentina – ST5 and ST30 – are also frequently isolated from the sputum of patients with CF, but in these patients they usually display multi-drug antimicrobial resistance. In this study, we sequenced the genomes of MRSA from four paediatric CF patients with the goal of identifying mutations among sequential isolates, especially those possibly related to antimicrobial resistance and virulence, which might contribute to the adaptation of the pathogen in the airways of patients with CF. Our results revealed genetic differences in sequential MRSA strains isolated from patients with CF in both their core and accessory genomes. Although the genetic adaptation of S. aureus was distinct in different hosts, we detected independent mutations in thyA, htrA, rpsJ and gyrA – which are known to have crucial roles in S. aureus virulence and antimicrobial resistance – in isolates recovered from multiple patients. Moreover, we identified allelic variants that were detected in all of the isolates recovered after a certain time point; these non-synonymous mutations were in genes associated with antimicrobial resistance, virulence, iron scavenging and oxidative stress resistance. In conclusion, our results provide evidence of genetic variability among sequential MRSA isolates that could be implicated in the adaptation of these strains during chronic CF airway infection.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».