Diagnostic accuracy of RT-PCR for detection of SARS-CoV-2 compared to a “composite reference standard” in hospitalized patients
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background COVID-19 caused by the novel coronavirus SARS-CoV-2 has caused the greatest public health emergency of our time. Accurate laboratory detection of the virus is critical in order to contain the spread. Although real-time polymerase chain reaction (PCR) has been the cornerstone of laboratory diagnosis, there have been conflicting reports on the diagnostic accuracy of this method. Methods A retrospective review was performed on all hospitalized patients tested for SARS-CoV-2 (at St. Pauls Hospital in Vancouver, BC) from March 13 – April 12, 2020. Diagnostic accuracy of initial PCR on nasopharyngeal (NP) swabs was determined against a composite reference standard which included a clinical assessment of the likelihood of COVID-19 by medical experts, initial and repeat PCR, and post-hoc serological testing. Results A total of 323 patients were included in the study, 33 (10.2%) tested positive and 290 (89.8%) tested negative by initial PCR. Patients testing positive were more likely to exhibit features of cough (66.7% vs 39.3%), shortness of breath (63.6% vs 35.9%), fever (72.7% vs 27.6%), radiographic findings (83.3% vs 39.6%) and severe outcomes including ICU admission (24.2% vs 9.7%) and mortality (21.2% vs 6.2%) compared to patients testing negative. Serology was performed on 90 patients and correlation between serology and PCR was 98.9%. There were 90 patients included in the composite reference standard. Compared to the composite reference standard, initial PCR had sensitivity of 94.7% (95% CI 74.0 to 99.9%), specificity of 100% (95% CI 94.9 to 100%), positive predictive value of 100% (95% CI 81.5 to 100%) and a negative predictive value of 98.6% (95% CI 92.5 to 100%). Discussion Our study showed high sensitivity of PCR on NP swab specimens when compared to composite reference standard in hospitalized patients. High correlation of PCR with serological testing further increased confidence in the diagnostic reliability of properly collected NP swabs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,009 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».