A167 UNDERSTANDING THE IMPACT OF DOWNSTREAM OF KINASE 4 (DOK4) DAMAGING GENETIC VARIANTS IN THE PATHOGENESIS OF PEDIATRIC INFLAMMATORY BOWEL DISEASE (IBD).
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background IBD is a chronic inflammatory disorder of the gastrointestinal (GI) tract whose precise pathological mechanisms remain elusive. It is thought that in pediatric IBD, pathogenic exposure does not appear sufficient to cause disease, thus genetic variations are critical to disease pathogenesis. The Muise Lab uses genetic sequencing of patients with IBD from all over the world to identify crucial genetic variations that are critical to IBD development. We report two patients with IBD from unrelated families with mutations in DOK4. Both patients had profound extra-intestinal disease complicating their IBD. Downstream of kinase (DOK) proteins are a family of adaptor molecules that are important in regulating cell signaling, especially in immune cells. They are known to suppress MAPK and PI3K/AKT pathways, whose dysregulation result in cancer. DOK4 has not been extensively studied, but research suggests that this gene produces two isoforms. It is known to have negative regulatory effects on immune cell activation but is also expressed across various other tissues, where its function is yet to be determined. Aims We hypothesize that these variations in DOK4 lead to immune cell dysregulation, which manifests in both gastrointestinal and systemic chronic inflammatory disease. Through this study, we aim to elucidate the mechanism of novel genetic defects in DOK4. Methods It will be critical to understand how variants within both patients are contributing to the onset of IBD through in vitro studies. Therefore, we will characterize and quantify how changes in expression of DOK4 alters essential cell signaling pathways. We have established immortalized cell lines from patients bearing these mutations to specifically characterize potential immune defects. We will also be using knock out cell models to understand the effect of loss of function of DOK4 in different cell types. Results Preliminary data shows variation in expression of the protein within patient peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) compared to a healthy donor. Overexpression in HEK293T cells shows changes in MAPK and NFkB signaling. Conclusions With this study, we hope to identify new therapeutic targets for patients with DOK4 mutations. Funding Agencies CIHRThe Leona M. and Harry B. Helmsley Charitable Trust
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».