An ancient retroviral RNA element hidden in mammalian genomes and its involvement in coopted retroviral gene regulation
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Retroviruses utilize multiple unique RNA elements to control several aspects of RNA processing, such as splicing, subcellular export, and translation. However, it is mostly unclear whether such functional RNA elements are present in endogenous retroviruses (ERVs), many of which were inserted into the host genomes millions of years ago. Previously, in human ERV-derived syncytin-1 gene, we found a cis -acting RNA element named SPRE that enhances its protein expression. In this study, we found a 17-nt common sequence in SPRE of syncytin-1 and another ERV-derived gene, syncytin-2 , and the sequence is confirmed to be essential for the expression of the proteins. We detected the sequences of SPRE-like elements in 41 ERV families. Though the SPRE-like elements were not found in currently prevailing ( i.e. exogenous) viral sequences, more than thousands of copies of the elements were found in several mammalian genomes, suggesting the ancient integration and propagation of the SPRE-harboring retroviruses in mammalian lineages. Indeed, other mammalian ERV-derived genes: mac-syncytin-3 of macaque, syncytin-Ten1 of tenrec, and syncytin-Car1 of Carnivora contain the SPRE-like elements, and we validated their function for efficient protein expression by in vitro assays. A reporter assay revealed that the enhancement of gene expression by SPRE depended on reporter genes. Moreover, the mutation in SPRE did not affect the gene expression in codon-optimized syncytin-2 . However, the same mutation in SPRE impaired the gene expression in wild-type syncytin-2 , suggesting that the SPRE dependency of Syncytin-2 expression is due to the negative factors such as inefficient codon frequency or repressive elements within the coding sequence. These results provide new implications that ERVs harbor unique RNA elements involved in the regulation of ERV-derived genes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».