OryzaGenome2.1: Database of Diverse Genotypes in Wild Oryza Species
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: OryzaGenome ( http://viewer.shigen.info/oryzagenome21detail/index.xhtml ), a feature within Oryzabase ( https://shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase/ ), is a genomic database for wild Oryza species that provides comparative and evolutionary genomics approaches for the rice research community. RESULTS: Here we release OryzaGenome2.1, the first major update of OryzaGenome. The main feature in this version is the inclusion of newly sequenced genotypes and their meta-information, giving a total of 217 accessions of 19 wild Oryza species (O. rufipogon, O. barthii, O. longistaminata, O. meridionalis, O. glumaepatula, O. punctata, O. minuta, O. officinalis, O. rhizomatis, O. eichingeri, O. latifolia, O. alta, O. grandiglumis, O. australiensis, O. brachyantha, O. granulata, O. meyeriana, O. ridleyi, and O. longiglumis). These 19 wild species belong to 9 genome types (AA, BB, CC, BBCC, CCDD, EE, FF, GG, and HHJJ), representing wide genomic diversity in the genus. Using the genotype information, we analyzed the genome diversity of Oryza species. Other features of OryzaGenome facilitate the use of information on single nucleotide polymorphisms (SNPs) between O. sativa and its wild progenitor O. rufipogon in rice research, including breeding as well as basic science. For example, we provide Variant Call Format (VCF) files for genome-wide SNPs of 33 O. rufipogon accessions against the O. sativa reference genome, IRGSP1.0. In addition, we provide a new SNP Effect Table function, allowing users to identify SNPs or small insertion/deletion polymorphisms in the 33 O. rufipogon accessions and to search for the effect of these polymorphisms on protein function if they reside in the coding region (e.g., are missense or nonsense mutations). Furthermore, the SNP Viewer for 446 O. rufipogon accessions was updated by implementing new tracks for possible selective sweep regions and highly mutated regions that were potentially exposed to selective pressures during the process of domestication. CONCLUSION: OryzaGenome2.1 focuses on comparative genomic analysis of diverse wild Oryza accessions collected around the world and on the development of resources to speed up the identification of critical trait-related genes, especially from O. rufipogon. It aims to promote the use of genotype information from wild accessions in rice breeding and potential future crop improvements. Diverse genotypes will be a key resource for evolutionary studies in Oryza, including polyploid biology.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle