Transitions in oral and gut microbiome of HPV+ oropharyngeal squamous cell carcinoma following definitive chemoradiotherapy (ROMA LA-OPSCC study)
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Oral and gut microbiomes have emerged as potential biomarkers in cancer. We characterised the oral and gut microbiomes in a prospective observational cohort of HPV+ oropharyngeal squamous cell carcinoma (OPSCC) patients and evaluated the impact of chemoradiotherapy (CRT). METHODS: Saliva, oropharyngeal swabs over the tumour site and stool were collected at baseline and post-CRT. 16S RNA and shotgun metagenomic sequencing were used to generate taxonomic profiles, including relative abundance (RA), bacterial density, α-diversity and β-diversity. RESULTS: = 0.006; p = 0.827). Oropharyngeal swabs and stool taxonomic composition varied significantly by stage, with increased oral RA of Fusobacterium nucleatum observed in stage III disease (p < 0.05). CRT significantly reduced the species richness and increased the RA of gut-associated taxa in oropharyngeal swabs (p < 0.05), while it had no effect in stool samples. These findings remained significant when adjusted by stage, smoking status and antibiotic use. CONCLUSIONS: Baseline oral and gut microbiomes differ by stage in this HPV+ cohort. CRT caused a shift towards a gut-like microbiome composition in oropharyngeal swabs. Stage-specific features and the transitions in oral microbiome might have prognostic and therapeutic implications.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».