AMPLIFIKASI GENE mtDNA CO1 IKAN MALONG (MURAENESOCIDAE) DARI PERAIRAN KOTA TARAKAN DENGAN TEKNIK PCR
Notice bibliographique
Résumé
Ikan Malong atau di Tarakan lebih dikenal dengan sebutan Ikan Ose merupakan ikan komersil yang tersebar secara luas di laut Indo-west pacific meliputi laut merah, teluk Persia, pantai barat India, dan sri langka hingga Fiji dan Tuvalu, bagian utara jepang dan korea, bagian selatan laut arafura, dan utara Australia. Di Indonesia Ikan Malong tersebar dari pulau Sumatra, Kalimantan, dan Sulawesi. Dengan penyebaran yang begitu luas sayangnya informasi genetik ikan Ose masih sangat terbatas. Penelitian ini dilakukan untuk mengisolasi dan mengamplifikasi gen mtDNA CO1 ikan ose dari perairan Kota Tarakan. Metode penelitian yang dilakukan meliputi isolasi genom mtDNA CO1 dengan mengikuti petunjuk Quick-DNA Tissue/Insect Miniprep Kit (Zymo Research, D6016). Dilanjutkan dengan amplifikasi (perbanyakan) untai gen mtDNA CO1 menggunakan 4 primer cocktail berdasarkan Canadian Center for DNA Barcoding (CCDB), 2006. Kemudian visualisasi produk PCR dengan menggunakan teknik gel elektroforesis. Terdapat dua jenis ikan ose yang dijadikan sampel pada penelitian ini, yaitu Ikan ose dengan perut berwarna kuning (Ose Kuning/Ose-K) dan Ikan ose dengan perut berwarna hitam ( Ose Hitam/Ose-H). Hasil isolasi dan pemurnian genom mtDNA CO1 merujuk pada rasio A260/280. Ekstrak gen mtDNA Ose-K memiliki konsentrasi 67.3 ng/µl dengan nilai rasio A260/280 diperoleh 1.94, dan konsentrasi untuk ekstrak gen mtDNA sampel Ose-H diperoleh 84.5 ng/µl dan 1.97 untuk nilai rasio A260/280. Hasil visualisasi produk PCR setelah di running pada gel elektroforesis diperoleh pita tunggal untuk masing-masing sampel dengan panjang basa sekitar 700 bp. Kata kunci: gen mtDNA CO1, Ikan Ose, pita DNA, rasio A260/280
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».