Genomic Epidemiology of Candida auris in Qatar Reveals Hospital Transmission Dynamics and a South Asian Origin
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Notice bibliographique
Résumé
Candida auris is an emerging, multidrug-resistant fungal pathogen that has become a public health threat with an increasing incidence of infections worldwide. Candida auris spreads easily among patients within and between hospitals. Infections and outbreaks caused by C. auris have been reported in the Middle East region including Oman, Kuwait, Saudi Arabia, and Qatar; however, the origin of these isolates is largely unknown. Pathogen whole genome sequencing (WGS) was used to determine the epidemiology and drug resistance mutations of C. auris in Qatar. Forty-four samples isolated from patients in three hospitals and the hospital environment were sequenced by Illumina NextSeq. Core genome single nucleotide polymorphisms (SNPs) revealed that all isolates belonged to the South Asian lineage with genetic heterogeneity that suggests previous acquisition from foreign healthcare. The genetic variability among the outbreak isolates in the two hospitals (A and B) was low. Four environmental isolates clustered with the related clinical isolates, and epidemiologically linked isolates clustered together, suggesting that the ongoing transmission of C. auris could be linked to infected/colonized patients and the hospital environment. Prominent mutations Y132F and K143R in ERG11 linked to increased fluconazole resistance were detected.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle