Early, On-Treatment Levels and Dynamic Changes of Genomic Instability in Circulating Tumor DNA Predict Response to Treatment and Outcome in Metastatic Breast Cancer Patients
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Circulating tumor DNA (ctDNA) offers high sensitivity and specificity in metastatic cancer. However, many ctDNA assays rely on specific mutations in recurrent genes or require the sequencing of tumor tissue, difficult to do in a metastatic disease. The purpose of this study was to define the predictive and prognostic values of the whole-genome sequencing (WGS) of ctDNA in metastatic breast cancer (MBC). METHODS: Plasma from 25 patients with MBC were taken at the baseline, prior to treatment (T0), one week (T1) and two weeks (T2) after treatment initiation and subjected to low-pass WGS. DNA copy number changes were used to calculate a Genomic Instability Number (GIN). A minimum predefined GIN value of 170 indicated detectable ctDNA. GIN values were correlated with the treatment response at three and six months by Response Evaluation Criteria in Solid Tumours assessed by imaging (RECIST) criteria and with overall survival (OS). RESULTS: GIN values were detectable (>170) in 64% of patients at the baseline and were significantly prognostic (41 vs. 18 months OS for nondetectable vs. detectable GIN). Detectable GIN values at T1 and T2 were significantly associated with poor OS. Declines in GIN at T1 and T2 of > 50% compared to the baseline were associated with three-month response and, in the case of T1, with OS. On the other hand, a rise in GIN at T2 was associated with a poor response at three months. CONCLUSIONS: Very early measurements using WGS of cell-free DNA (cfDNA) from the plasma of MBC patients provided a tumor biopsy-free approach to ctDNA measurement that was both predictive of the early tumor response at three months and prognostic.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».