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Enregistrement W3143815372 · doi:10.21203/rs.3.rs-339282/v1

Global and temporal state of the human gut microbiome in health and disease

2021· preprint· en· W3143815372 sur OpenAlex
Saeed Shoaie, Sunjae Lee, Mathieu Almeida, Gholamreza Bidkhori, Nicolas Pons, Florian Plaza Oñate, Emmanuelle Le Chatelier, Neelu Begum, Ceri Proffitt, Dorinês Rosário, Stefania Vaga, Junseok Park, Kalle von Feilitzen, Fredric Johansson, Victoria Meslier, Azadeh Harzandi, Lucie Etienne‐Mesmin, Lindsey Edwards, Vincent Lombard, Franck Gauthier, Claire J. Steves, David Gómez-Cabrero, Bernard Henrissat, Doheon Lee, Debbie L. Shawcross, Stéphanie Blanquet‐Diot, Gordon Proctor, Lars Engstrand, Adil Mardinoğlu, Jens Nielsen, S. Dusko Ehrlich, Mathias Uhlén

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.

Notice bibliographique

RevueResearch Square · 2021
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGut microbiota and health
Établissements canadiensKootenay Association for Science & Technology
Organismes subventionnairesBiotechnology and Biological Sciences Research CouncilEngineering and Physical Sciences Research CouncilMedical Research CouncilScience for Life LaboratoryInstitut National de Recherche pour l'Agriculture, l'Alimentation et l'EnvironnementKing's College LondonNational Research Foundation of KoreaWellcome TrustAgence Nationale de la RechercheMinistry of Science and ICT, South KoreaKnut och Alice Wallenbergs StiftelseUppsala Multidisciplinary Center for Advanced Computational ScienceNational Research FoundationEuropean CommissionDirectorate for Biological SciencesIsrael Institute for Biological ResearchNational Institute for Health and Care Research
Mots-clésMicrobiomeDiseaseState (computer science)Gut microbiomeHuman healthBiologyComputational biologyEvolutionary biologyPolitical scienceData scienceMedicineComputer scienceEnvironmental healthBioinformaticsPathology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract The role of gut microbiota in humans is of great interest, and metagenomics provided the possibilities for extensively analysing bacterial diversity in health and disease. Here we explored the human gut microbiome samples across 19 countries, performing compositional, functional and integrative analysis. To complement these data and analyse the stability of the microbiome, we followed 86 healthy Swedish individuals over one year, with four sampling times and extensive clinical phenotyping. The integrative analysis of temporal microbiome changes shows the existence of two types of species with a tendency to vary in abundance with time, here called outflow and inflow species. Importantly, the former tends to be enriched in disease, while the latter is enriched in health. We suggest that the decrease of disease-associated outflow and the increase of health-associated inflow species with time may be a fundamental albeit previously unrecognized aspect of the homeostasis maintenance in a healthy microbiome.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,213
Score d'incertitude au seuil0,497

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,002
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,035
Tête enseignante GPT0,405
Écart entre enseignants0,369 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle