Phylogenetic Clustering among Asylum Seekers with New HIV-1 Diagnoses in Montreal, QC, Canada
Notice bibliographique
Résumé
Migrants are at an increased risk of HIV acquisition. We aimed to use phylogenetics to characterize transmission clusters among newly-diagnosed asylum seekers and to understand the role of networks in local HIV transmission. Retrospective chart reviews of asylum seekers linked to HIV care between 1 June 2017 and 31 December 2018 at the McGill University Health Centre and the Jewish General Hospital in Montreal were performed. HIV-1 partial pol sequences were analyzed among study participants and individuals in the provincial genotyping database. Trees were reconstructed using MEGA10 neighbor-joining analysis. Clustering of linked viral sequences was based on a strong bootstrap support (>97%) and a short genetic distance (<0.01). Overall, 10,645 provincial sequences and 105 asylum seekers were included. A total of 13/105 participant sequences (12%; n = 7 males) formed part of eight clusters. Four clusters (two to three people) included only study participants (n = 9) and four clusters (two to three people) included four study participants clustered with six individuals from the provincial genotyping database. Six (75%) clusters were HIV subtype B. We identified the presence of HIV-1 phylogenetic clusters among asylum seekers and at a population-level. Our findings highlight the complementary role of cohort data and population-level genotypic surveillance to better characterize transmission clusters in Quebec.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».