8. Genome Guided Discovery of Chlorinated Natural Products in Streptomyces curacoi
Notice bibliographique
Résumé
Natural products derived from plants, animals, and microbes have long been a rich source of molecules that exhibit biological activity. Bacteria of the genus Streptomyces are one of the most important sources of natural products today, producing more than half of all known antibiotics. One class of natural products that have potent antibiotic activity are those that contain halogens. There are many examples of halogenated natural products such as the antibiotics vancomycin and chloramphenicol. Incorporation of halogen atoms into drugs is a common strategy to enhance their bioactivity and specificity. Rapid advances in DNA sequencing have led to genome mining approaches to discover new natural products. This technique can also be used to find bioactive halogenated products by analyzing the genomes for sequences encoding the ‘halogenases’ that are responsible for addition of the halogen. One class of compounds that have biological activity against Streptococcus pneumoniae, Staphylococcus aureus, and Staphylococcus epidermidis are the desotamides. These compounds inhibit bacterial RNA polymerases. A cluster of genes that is likely responsible for the production this compound has been discovered in the Streptomyces curacoi genome; however this cluster is unique in that it also contains a halogenase gene. This study aims to discover a halogenated desotamide derivative from Streptomyces curacoi based on the genomic information. It is hypothesized that this derivative will have enhanced or new biological activity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».