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Enregistrement W3153177353 · doi:10.3390/cancers13092016

Tumor Long Interspersed Nucleotide Element-1 (LINE-1) Hypomethylation in Relation to Age of Colorectal Cancer Diagnosis and Prognosis

2021· article· en· W3153177353 sur OpenAlexfundno aff
Naohiko Akimoto, Melissa Zhao, Tomotaka Ugai, Rong Zhong, Mai Chan Lau, Kenji Fujiyoshi, Junko Kishikawa, Koichiro Haruki, Kota Arima, Tyler S. Twombly, Xuehong Zhang, Edward L. Giovannucci, Kana Wu, Mingyang Song, Andrew T. Chan, Yin Cao, Jeffrey A. Meyerhardt, Kimmie Ng, Marios Giannakis, Juha P. Väyrynen, Jonathan A. Nowak, Shuji Ogino

Notice bibliographique

RevueCancers · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueCholangiocarcinoma and Gallbladder Cancer Studies
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesGary Bennett Family FundNational Institutes of HealthHuazhong University of Science and TechnologyHarvard T.H. Chan School of Public HealthMitsukoshi Health and Welfare FoundationAmerican Association for Cancer ResearchAmerican Society of Clinical OncologyMassachusetts General HospitalConquer Cancer FoundationNational Cancer InstituteEntertainment Industry FoundationBrigham and Women's HospitalJapan Society for the Promotion of ScienceAmerican Cancer SocietyResearch Promotion FoundationStand Up To CancerUehara Memorial Foundation
Mots-clésColorectal cancerMedicineConfidence intervalHazard ratioInternal medicineGastroenterologyMethylationCancerDNA methylationOncologyBiologyGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Evidence indicates the pathogenic role of epigenetic alterations in early-onset colorectal cancers diagnosed before age 50. However, features of colorectal cancers diagnosed at age 50–54 (hereafter referred to as “intermediate-onset”) remain less known. We hypothesized that tumor long interspersed nucleotide element-1 (LINE-1) hypomethylation might be increasingly more common with decreasing age of colorectal cancer diagnosis. In 1356 colorectal cancers, including 28 early-onset and 66 intermediate-onset cases, the tumor LINE-1 methylation level measured by bisulfite-PCR-pyrosequencing (scaled 0 to 100) showed a mean of 63.6 (standard deviation (SD) 10.1). The mean tumor LINE-1 methylation level decreased with decreasing age (mean 64.7 (SD 10.4) in age ≥70, 62.8 (SD 9.4) in age 55–69, 61.0 (SD 10.2) in age 50–54, and 58.9 (SD 12.0) in age <50; p < 0.0001). In linear regression analysis, the multivariable-adjusted β coefficient (95% confidence interval (CI)) (vs. age ≥70) was −1.38 (−2.47 to −0.30) for age 55–69, −2.82 (−5.29 to −0.34) for age 50–54, and −4.54 (−8.24 to −0.85) for age <50 (Ptrend = 0.0003). Multivariable-adjusted hazard ratios (95% CI) for LINE-1 methylation levels of ≤45, 45–55, and 55–65 (vs. >65) were 2.33 (1.49–3.64), 1.39 (1.05–1.85), and 1.29 (1.02–1.63), respectively (Ptrend = 0.0005). In conclusion, tumor LINE-1 hypomethylation is increasingly more common with decreasing age of colorectal cancer diagnosis, suggesting a role of global DNA hypomethylation in colorectal cancer arising in younger adults.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,022
Score d'incertitude au seuil0,479

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,028
Tête enseignante GPT0,297
Écart entre enseignants0,269 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations43
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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