FuNTAP: A Fusarium graminearum Protein-Protein Interaction Network to Study Deoxynivalenol Biosynthesis Pathways
Notice bibliographique
Résumé
Protein interaction networks provide invaluable information on the complexity of biological pathways within organisms. These networks help identify proteins of interest along with groups of closely associated proteins with common functions. The fungus Fusarium graminearum is a pathogen of agriculturally significant crops such as wheat. The infection process includes production of harmful mycotoxins such as deoxynivalenol (DON). To study the signalling pathways leading to biosynthesis of DON in F. graminearum, we constructed the Fusarium Network of Trichothecene Associated Proteins (FuNTAP) based on yeast two-hybrid interactions of proteins differentially expressed under DON inducing conditions. The FuNTAP network categorizes the metabolic pathway which produces this important mycotoxin without the drawbacks of previous predicted-based model interactomes. As such, we present the FuNTAP network as a tool to identify proteins regulating the biosynthesis of DON. This network may also integrate other sources of data including gene expression profiles and biological function through sequence similarity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».