A versatile, fast and unbiased method for estimation of gene-by-environment interaction effects on biobank-scale datasets
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Current methods to evaluate gene-by-environment (GxE) interactions on biobank-scale datasets are limited. MonsterLM enables multiple linear regression on genome-wide datasets, does not rely on parameters specification and provides unbiased estimates of variance explained by GxE interaction effects. We applied MonsterLM to the UK Biobank for eight blood biomarkers (N=325,991), identifying significant genome-wide interaction variance with waist-to-hip ratio for five biomarkers, with variance explained by interactions ranging from 0.11 to 0.58. 48% to 94% of GxE interaction variance can be attributed to variants without significant marginal association with the phenotype of interest. Conversely, for most traits, >40% of interaction variance was explained by less than 5% of genetic variants. We observed significant improvements in polygenic score prediction with incorporation of GxE interactions in four biomarkers. Our results imply an important contribution of GxE interaction effects, driven largely by a restricted set of variants distinct from loci with strong marginal effects.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,022 | 0,051 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,007 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».