Tumor subtype defines distinct pathways of molecular and clinical progression in primary prostate cancer
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUNDMolecular characterization of prostate cancer (PCa) has revealed distinct subclasses based on underlying genomic alterations occurring early in the natural history of the disease. However, how these early alterations influence subsequent molecular events and the course of the disease over its long natural history remains unclear.METHODSWe explored the molecular and clinical progression of different genomic subtypes of PCa using distinct tumor lineage models based on human genomic and transcriptomic data. We developed transcriptional classifiers, and defined "early" and "late" categories of molecular subclasses from 8,158 PCa patients. Molecular subclasses were correlated with clinical outcomes and pathologic characteristics using Kaplan-Meier and logistic regression analyses.RESULTSWe identified PTEN and CHD1 alterations as subtype-specific late progression events specifically in ERG-overexpressing (ERG+) and SPOP-mutant tumors, respectively, and 2 distinct progression models consisting of ERG/PTEN (normal to ERG+ to PTEN-deleted) and SPOP/CHD1 (normal to SPOP-mutated to CHD1-deleted) with shared early tumorigenesis but distinct pathways toward progression. We found that within ERG+ and SPOP-mutant subtypes, late events were associated with worse prognosis. Importantly, the clinical and pathologic features associated with distinct late events at radical prostatectomy were strikingly different; PTEN deletions were associated with increased locoregional stage, while CHD1 deletions were only associated with increased grade, despite equivalent metastatic potential.CONCLUSIONThese findings suggest a paradigm in which specific subtypes of PCa follow distinct pathways of progression, at both the molecular and clinical levels. Therefore, the interpretation of common clinical parameters such as locoregional tumor stage may be influenced by the underlying tumor lineage, and potentially influence management decisions.FUNDINGProstate Cancer Foundation, National Cancer Institute, Urology Care Foundation, Damon Runyon Cancer Research Foundation, US Department of Defense, and the AIRC Foundation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».