Cellular tropism and antigenicity of mink-derived SARS-CoV-2 variants
Notice bibliographique
Résumé
The outbreak of SARS-CoV-2 in minks has been observed recently, raising serious concerns over cross-species transmission and the emergence of variants capable of rendering antibody therapy and vaccines less effective. Here, the species tropism and antigenicity of the spike protein of ten variants were analyzed in pseudovirus-based assays involving 25 cell lines as well as 293T cells expressing ACE2 receptor from 14 species. No significant change in cellular tropisms was observed with the reported mink variants. There was a slight increase of infectivity in 69-70del and A262S-containing variants, and significantly reduced infectivity of the cluster 5 variant. In neutralizing assays, variants bearing Y453F, F486L, and A262S demonstrated decreased reactivities to at least one monoclonal antibody (mAb). Notably, variants with F486L and other additional mutations were resistant to eight neutralizing mAbs in addition to some polyclonal antisera or convalescent plasma. Together, these findings indicate that these variants are similar to the human viral isolates in terms of infectivity and cellular tropisms, while decreased sensitivity of variants bearing F486L in conjunction with other mutations to neutralization by some mAbs and polyclonal antibody preparations warrants close monitoring of the ever-evolving viruses.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,008 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».