Weaning age and its effect on the development of the swine gut microbiome and resistome
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Piglets are often weaned between 19 and 22 d of age in North America although in some swine operations this may occur at 14 d or less. Piglets are abruptly separated from their sow at weaning and are quickly transitioned from sow’s milk to a plant-based diet. The effect of weaning age on the long-term development of the pig gut microbiome is largely unknown. Here, pigs were weaned at either 14, 21, or 28 d of age and fecal samples collected 20 times from d 4 (neonatal) through to marketing at d 140. The fecal microbiome was characterized using 16S rRNA gene and shotgun metagenomic sequencing. The fecal microbiome of all piglets shifted significantly three to seven days post-weaning with an increase in microbial diversity. Several Prevotella spp. increased in relative abundance immediately after weaning as did butyrate-producing species such as Butyricicoccus porcorum, Faecalibacterium prausnitzii , and Megasphaera elsdenii . Within 7 days of weaning, the gut microbiome of pigs weaned at 21 and 28 days of age resembled that of pigs weaned at 14 d. Resistance genes to most antimicrobial classes decreased in relative abundance post-weaning with the exception of those conferring resistance to tetracyclines and macrolides-lincosamides-streptogramin B. The relative abundance of microbial carbohydrate-active enzymes (CAZymes) changed significantly in the post-weaning period with an enrichment of CAZymes involved in degradation of plant-derived polysaccharides. These results demonstrate that the pig gut microbiome tends change in a predictable manner post-weaning and that weaning age has only a temporary effect on this microbiome. Importance Piglets are abruptly separated from their sow at weaning and are quickly transitioned from sow’s milk to a plant-based diet. This is the most important period in commercial swine production yet the effect of weaning age on the long-term development of the pig gut microbiome is largely unknown. Metagenomic sequencing allows for a higher resolution assessment of the pig gut microbiome and enables characterization of the resistome. Here we used metagenomic sequencing to identify bacterial species that were enriched post-weaning and therefore may provide targets for future manipulation studies. In addition, functional profiling of the microbiome indicated that many carbohydrate and metabolic enzymes decrease in relative abundance of after weaning. This study also highlights the challenges faced in reducing antimicrobial resistance in pigs as genes conferring tetracycline and macrolide resistance remained relatively stable from 7 days of age through to market weight at 140 d despite no exposure to antimicrobials.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».