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Enregistrement W3162266766 · doi:10.1002/prot.26142

Novel antimicrobial anionic cecropins from the spruce budworm feature a <scp>poly‐L</scp> ‐aspartic acid C‐terminus

2021· article· en· W3162266766 sur OpenAlexafffund
Halim Maaroufi, Marianne Potvin, Michel Cusson, Roger C. Lévesque

Notice bibliographique

RevueProteins Structure Function and Bioinformatics · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueAntimicrobial Peptides and Activities
Établissements canadiensNatural Resources CanadaCanadian Forest ServiceUniversité Laval
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchOntario GenomicsGenome Canada
Mots-clésCationic polymerizationPeptideAntimicrobial peptidesCecropinBiochemistryChemistryAmphiphileAntibacterial activityBiologyBacteriaMolecular biologyGeneticsPolymer chemistryOrganic chemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Cecropins form a family of amphipathic α‐helical cationic peptides with broad‐spectrum antibacterial properties and potent anticancer activity. The emergence of bacteria and cancer cells showing resistance to cationic antimicrobial peptides (CAMPs) has fostered a search for new, more selective and more effective alternatives to CAMPs. With this goal in mind, we looked for cecropin homologs in the genome and transcriptome of the spruce budworm, Choristoneura fumiferana . Not only did we find paralogs of the conventional cationic cecropins (Cfcec + ), our screening also led to the identification of previously uncharacterized anionic cecropins (Cfcec − ), featuring a poly‐ l ‐aspartic acid C‐terminus. Comparative peptide analysis indicated that the C‐terminal helix of Cfcec − is amphipathic, unlike that of Cfcec + , which is hydrophobic. Interestingly, molecular dynamics simulations pointed to the lower conformational flexibility of Cfcec − peptides, relative to that of Cfcec + . Phylogenetic analysis suggests that the evolution of distinct Cfcec + and Cfcec − peptides may have resulted from an ancient duplication event within the Lepidoptera. Finally, we found that both anionic and cationic cecropins contain a BH3‐like motif (G‐[KQR]‐[HKQNR]‐[IV]‐[KQR]) that could interact with Bcl‐2, a protein involved in apoptosis; this observation is congruent with previous reports indicating that cecropins induce apoptosis. Altogether, our observations suggest that cecropins may provide templates for the development of new anticancer drugs. We also estimated the antibacterial activity of Cfcec‐2 and a ∆Cfce‐2 peptide as AMPs by testing directly their ability in inhibiting bacterial growth in a disk diffusion assay and their potential for development of novel therapeutics.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,138
Score d'incertitude au seuil0,986

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,009
Tête enseignante GPT0,194
Écart entre enseignants0,185 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations8
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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