B-factor analysis suggests that <scp>L</scp>-lysine and <i>R</i>,<i>R</i>-bis-lysine allosterically inhibit Cj.DHDPS enzyme by decreasing its protein dynamics
Notice bibliographique
Résumé
In Campylobacter jejuni (Cj.) , dihydrodipicolinate synthase (DHDPS) catalyzes the condensation of pyruvate (pyr) and (S)-aspartate--semi-aldehyde (ASA) to form dihydrodipicolinate. Cj.DHDPS regulates an essential step in the biosynthesis of L-lysine (Lys) and meso-diaminopimelate in bacterial cell wall synthesis. In our study, the normalized B-factors calculated from crystallographic data suggested that Lys and synthetic bisLys inhibitors allosterically inhibit the enzyme by reducing mobility in the regions that undergo transient conformational fluctuations to facilitate the diffusion of substrate Pyr in the active site for catalysis, consistent with published HDX-MS dynamics studies. The normalized B-factors also showed that bisLys allosterically inhibits DHDPS Y110F lysine insensitive mutant by rigidifying these flexible regions. The B-factor analysis suggest that flexibility in the regions (8, 9, 10, 11, L20, and 12) may be vital for substrate turn over and catalysis. Normalized Bfactors of DHDPS and its Y110F mutant with and without inhibitors in different space groups showed similar flexibility patterns, suggesting the reliability of our B-factors analysis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».